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万見
- PDB-8fw9: Cryo-EM structure of full-length human NLRC4 inflammasome with C1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fw9
タイトルCryo-EM structure of full-length human NLRC4 inflammasome with C12 symmetry
要素NLR family CARD domain-containing protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / NLRC4 / NAIP / Inflammasome
機能・相同性
機能・相同性情報


The IPAF inflammasome / IPAF inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / canonical inflammasome complex / positive regulation of protein processing / caspase binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response ...The IPAF inflammasome / IPAF inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / canonical inflammasome complex / positive regulation of protein processing / caspase binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / endopeptidase activator activity / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / defense response to bacterium / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / apoptotic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4, helical domain / NLRC4 helical domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily ...NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4, helical domain / NLRC4 helical domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NLR family CARD domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å
データ登録者Matico, R.E. / Yu, X. / Miller, R. / Somani, S. / Ricketts, M.D. / Kumar, N. / Steele, R.A. / Medley, Q. / Berger, S. / Faustin, B. / Sharma, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the human NAIP/NLRC4 inflammasome assembly and pathogen sensing.
著者: Rosalie E Matico / Xiaodi Yu / Robyn Miller / Sandeep Somani / M Daniel Ricketts / Nikit Kumar / Ruth A Steele / Quintus Medley / Scott Berger / Benjamin Faustin / Sujata Sharma /
要旨: The NLR family caspase activation and recruitment domain-containing 4 (NLRC4) inflammasome is a critical cytosolic innate immune machine formed upon the direct sensing of bacterial infection and in ...The NLR family caspase activation and recruitment domain-containing 4 (NLRC4) inflammasome is a critical cytosolic innate immune machine formed upon the direct sensing of bacterial infection and in response to cell stress during sterile chronic inflammation. Despite its major role in instigating the subsequent host immune response, a more complete understanding of the molecular events in the formation of the NLRC4 inflammasome in humans is lacking. Here we identify Bacillus thailandensis type III secretion system needle protein (Needle) as a potent trigger of the human NLR family apoptosis inhibitory protein (NAIP)/NLRC4 inflammasome complex formation and determine its structural features by cryogenic electron microscopy. We also provide a detailed understanding of how type III secretion system pathogen components are sensed by human NAIP to form a cascade of NLRC4 protomer through a critical lasso-like motif, a 'lock-key' activation model and large structural rearrangement, ultimately forming the full human NLRC4 inflammasome. These results shed light on key regulatory mechanisms specific to the NLRC4 inflammasome assembly, and the innate immune modalities of pathogen sensing in humans.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NLR family CARD domain-containing protein 4
B: NLR family CARD domain-containing protein 4
C: NLR family CARD domain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,0833
ポリマ－351,0833
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 NLR family CARD domain-containing protein 4 / CARD / LRR / and NACHT-containing protein / CED-4-like protein Clan / Caspase recruitment domain- ...CARD / LRR / and NACHT-containing protein / CED-4-like protein Clan / Caspase recruitment domain-containing protein 12 / Ice protease-activating factor / Ipaf


分子量: 117027.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: NLRC4, CARD12, CLAN, CLAN1, IPAF, UNQ6189/PRO20215
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NPP4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: the complex of Needle, human NAIP and NLRC4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21406 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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