[日本語] English
万見
- PDB-8fvu: Cryo-EM structure of human Needle/NAIP/NLRC4 (R288A) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fvu
タイトルCryo-EM structure of human Needle/NAIP/NLRC4 (R288A)
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 1
  • Lethal factor,Type III secretion system protein
  • NLR family CARD domain-containing protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / NLRC4 / NAIP / Inflammasome
機能・相同性
機能・相同性情報


anthrax lethal factor endopeptidase / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / canonical inflammasome complex / type III protein secretion system complex / caspase binding / positive regulation of protein processing / protein secretion by the type III secretion system / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process ...anthrax lethal factor endopeptidase / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / canonical inflammasome complex / type III protein secretion system complex / caspase binding / positive regulation of protein processing / protein secretion by the type III secretion system / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / pattern recognition receptor signaling pathway / host cell cytosol / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / Uptake and function of anthrax toxins / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activator activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / detection of bacterium / activation of innate immune response / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / positive regulation of inflammatory response / metallopeptidase activity / nervous system development / toxin activity / regulation of apoptotic process / basolateral plasma membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / magnesium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 1 / NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4, helical domain / : / NLRC4 helical domain / Nlrc4-like, winged helix domain / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 1 / NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4, helical domain / : / NLRC4 helical domain / Nlrc4-like, winged helix domain / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / BIR repeat. / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Lethal factor / Baculoviral IAP repeat-containing protein 1 / Type III secretion system protein / NLR family CARD domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bacillus anthracis (炭疽菌)
Burkholderia (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Matico, R.E. / Yu, X. / Miller, R. / Somani, S. / Ricketts, M.D. / Kumar, N. / Steele, R.A. / Medley, Q. / Berger, S. / Faustin, B. / Sharma, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the human NAIP/NLRC4 inflammasome assembly and pathogen sensing.
著者: Rosalie E Matico / Xiaodi Yu / Robyn Miller / Sandeep Somani / M Daniel Ricketts / Nikit Kumar / Ruth A Steele / Quintus Medley / Scott Berger / Benjamin Faustin / Sujata Sharma /
要旨: The NLR family caspase activation and recruitment domain-containing 4 (NLRC4) inflammasome is a critical cytosolic innate immune machine formed upon the direct sensing of bacterial infection and in ...The NLR family caspase activation and recruitment domain-containing 4 (NLRC4) inflammasome is a critical cytosolic innate immune machine formed upon the direct sensing of bacterial infection and in response to cell stress during sterile chronic inflammation. Despite its major role in instigating the subsequent host immune response, a more complete understanding of the molecular events in the formation of the NLRC4 inflammasome in humans is lacking. Here we identify Bacillus thailandensis type III secretion system needle protein (Needle) as a potent trigger of the human NLR family apoptosis inhibitory protein (NAIP)/NLRC4 inflammasome complex formation and determine its structural features by cryogenic electron microscopy. We also provide a detailed understanding of how type III secretion system pathogen components are sensed by human NAIP to form a cascade of NLRC4 protomer through a critical lasso-like motif, a 'lock-key' activation model and large structural rearrangement, ultimately forming the full human NLRC4 inflammasome. These results shed light on key regulatory mechanisms specific to the NLRC4 inflammasome assembly, and the innate immune modalities of pathogen sensing in humans.
履歴
登録2023年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1
B: NLR family CARD domain-containing protein 4
U: Lethal factor,Type III secretion system protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,9607
ポリマ－320,2573
非ポリマー7034
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 1 / Neuronal apoptosis inhibitory protein


分子量: 160484.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAIP, BIRC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13075
#2: タンパク質 NLR family CARD domain-containing protein 4 / CARD / LRR / and NACHT-containing protein / CED-4-like protein Clan / Caspase recruitment domain- ...CARD / LRR / and NACHT-containing protein / CED-4-like protein Clan / Caspase recruitment domain-containing protein 12 / Ice protease-activating factor / Ipaf


分子量: 116941.531 Da / 分子数: 1 / Mutation: R288A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: NLRC4, CARD12, CLAN, CLAN1, IPAF, UNQ6189/PRO20215
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NPP4
#3: タンパク質 Lethal factor,Type III secretion system protein / LF / Anthrax lethal toxin endopeptidase component


分子量: 42830.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌), (組換発現) Burkholderia (バクテリア)
遺伝子: lef, pXO1-107, BXA0172, GBAA_pXO1_0172, BPSS1548
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15917, UniProt: Q63K18, anthrax lethal factor endopeptidase
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1the complex of Needle, human NAIP and NLRC4COMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2human NAIP and NLRC4COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Burkholderia Needle (chimeric with an anthrax toxin lethal factor tag)COMPLEX#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Bacillus anthracis (炭疽菌)1392
43Burkholderia (バクテリア)32008
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106381 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る