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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fs6 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 4 (partially closed 9-1-1 and stably bound chamber DNA) | ||||||||||||
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![]() | CELL CYCLE/DNA / DNA damage repair / Rad24-RFC / 9-1-1 clamp / DNA clamp / alternative clamp loader / DNA damage signaling / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / CELL CYCLE-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Rad17 RFC-like complex / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching ...meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Rad17 RFC-like complex / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / Translesion Synthesis by POLH / telomere maintenance via recombination / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / recombinational repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / meiotic cell cycle / mismatch repair / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / site of double-strand break / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / DNA repair / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
![]() | Zheng, F. / Georgescu, R. / Yao, Y.N. / O'Donnell, M.E. / Li, H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of 9-1-1 DNA checkpoint clamp loading at gaps from start to finish and ramification to biology. 著者: Fengwei Zheng / Roxana E Georgescu / Nina Y Yao / Michael E O'Donnell / Huilin Li / ![]() 要旨: Recent structural studies show the Rad24-RFC loads the 9-1-1 checkpoint clamp onto a recessed 5' end by binding the 5' DNA on Rad24 at an external surface site and threading the 3' ssDNA into the ...Recent structural studies show the Rad24-RFC loads the 9-1-1 checkpoint clamp onto a recessed 5' end by binding the 5' DNA on Rad24 at an external surface site and threading the 3' ssDNA into the well-established internal chamber and into 9-1-1. We find here that Rad24-RFC loads 9-1-1 onto DNA gaps in preference to a recessed 5' DNA end, thus presumably leaving 9-1-1 on a 3' ss/ds DNA after Rad24-RFC ejects from the 5' gap end and may explain reports of 9-1-1 directly functioning in DNA repair with various TLS polymerases, in addition to signaling the ATR kinase. To gain a deeper understanding of 9-1-1 loading at gaps we report high-resolution structures of Rad24-RFC during loading of 9-1-1 onto 10-nt and 5-nt gapped DNAs. At a 10-nt gap we captured five Rad24-RFC-9-1-1 loading intermediates in which the 9-1-1 DNA entry gate varies from fully open to fully closed around DNA using ATPγS, supporting the emerging view that ATP hydrolysis is not needed for clamp opening/closing, but instead for dissociation of the loader from the clamp encircling DNA. The structure of Rad24-RFC-9-1-1 at a 5-nt gap shows a 180° axially rotated 3'-dsDNA which orients the template strand to bridge the 3'- and 5'- junctions with a minimum 5-nt ssDNA. The structures reveal a unique loop on Rad24 that limits the length of dsDNA in the inner chamber, and inability to melt DNA ends unlike RFC, thereby explaining Rad24-RFC's preference for a preexisting ssDNA gap and suggesting a direct role in gap repair in addition to its checkpoint role. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 577.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 451.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 88.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 130.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29415MC ![]() 8fs3C ![]() 8fs4C ![]() 8fs5C ![]() 8fs7C ![]() 8fs8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AH
#1: タンパク質 | 分子量: 62792.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RAD24, YER173W, SYGP-ORF60 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 69787.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DDC1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-Replication factor C subunit ... , 4種, 4分子 BCDE
#2: タンパク質 | 分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 37841.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA damage checkpoint control protein ... , 2種, 2分子 FG
#6: タンパク質 | 分子量: 53207.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MEC3, PIP3, PSO9, YLR288C, L8003.15 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 45637.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RAD17, GI527_G0005737 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 1種, 1分子 I
#9: DNA鎖 | 分子量: 15389.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-Primer strand ... , 2種, 2分子 JK
#10: DNA鎖 | 分子量: 6464.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#11: DNA鎖 | 分子量: 6084.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 9分子 ![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#12: 化合物 | ChemComp-AGS / #13: 化合物 | ChemComp-MG / #14: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 191448 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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