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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fs3 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 1 (open 9-1-1 and shoulder bound DNA only) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE/DNA / DNA damage repair / Rad24-RFC / 9-1-1 clamp / DNA clamp / alternative clamp loader / DNA damage signaling / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / CELL CYCLE-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity ...meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / telomere maintenance via recombination / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / recombinational repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / meiotic cell cycle / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / DNA repair / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zheng, F. / Georgescu, R. / Yao, Y.N. / O'Donnell, M.E. / Li, H. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Structures of 9-1-1 DNA checkpoint clamp loading at gaps from start to finish and ramification to biology. 著者: Fengwei Zheng / Roxana E Georgescu / Nina Y Yao / Michael E O'Donnell / Huilin Li / 要旨: Recent structural studies show the Rad24-RFC loads the 9-1-1 checkpoint clamp onto a recessed 5' end by binding the 5' DNA on Rad24 at an external surface site and threading the 3' ssDNA into the ...Recent structural studies show the Rad24-RFC loads the 9-1-1 checkpoint clamp onto a recessed 5' end by binding the 5' DNA on Rad24 at an external surface site and threading the 3' ssDNA into the well-established internal chamber and into 9-1-1. We find here that Rad24-RFC loads 9-1-1 onto DNA gaps in preference to a recessed 5' DNA end, thus presumably leaving 9-1-1 on a 3' ss/ds DNA after Rad24-RFC ejects from the 5' gap end and may explain reports of 9-1-1 directly functioning in DNA repair with various TLS polymerases, in addition to signaling the ATR kinase. To gain a deeper understanding of 9-1-1 loading at gaps we report high-resolution structures of Rad24-RFC during loading of 9-1-1 onto 10-nt and 5-nt gapped DNAs. At a 10-nt gap we captured five Rad24-RFC-9-1-1 loading intermediates in which the 9-1-1 DNA entry gate varies from fully open to fully closed around DNA using ATPγS, supporting the emerging view that ATP hydrolysis is not needed for clamp opening/closing, but instead for dissociation of the loader from the clamp encircling DNA. The structure of Rad24-RFC-9-1-1 at a 5-nt gap shows a 180° axially rotated 3'-dsDNA which orients the template strand to bridge the 3'- and 5'- junctions with a minimum 5-nt ssDNA. The structures reveal a unique loop on Rad24 that limits the length of dsDNA in the inner chamber, and inability to melt DNA ends unlike RFC, thereby explaining Rad24-RFC's preference for a preexisting ssDNA gap and suggesting a direct role in gap repair in addition to its checkpoint role. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fs3.cif.gz | 552.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fs3.ent.gz | 431.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fs3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fs3_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fs3_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fs3_validation.xml.gz | 89.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fs3_validation.cif.gz | 131 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/8fs3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/8fs3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29412MC 8fs4C 8fs5C 8fs6C 8fs7C 8fs8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AH
#1: タンパク質 | 分子量: 62792.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RAD24, YER173W, SYGP-ORF60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32641 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 69787.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: DDC1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BUG7 |
-Replication factor C subunit ... , 4種, 4分子 BCDE
#2: タンパク質 | 分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40339 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 37841.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38629 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40348 |
#5: タンパク質 | 分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38251 |
-DNA damage checkpoint control protein ... , 2種, 2分子 FG
#6: タンパク質 | 分子量: 53207.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MEC3, PIP3, PSO9, YLR288C, L8003.15 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02574 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 45637.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RAD17, GI527_G0005737 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BW58 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IK
#9: DNA鎖 | 分子量: 15389.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#10: DNA鎖 | 分子量: 6084.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 9分子
#11: 化合物 | ChemComp-MG / #12: 化合物 | ChemComp-AGS / #13: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255777 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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