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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fli | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a group II intron immediately before branching | |||||||||
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![]() | SPLICING/RNA / group II intron / splicing / branching / maturase / SPLICING-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Haack, D.B. / Rudolfs, B.G. / Zhang, C. / Lyumkis, D. / Toor, N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of branching during RNA splicing. 著者: Daniel B Haack / Boris Rudolfs / Cheng Zhang / Dmitry Lyumkis / Navtej Toor / ![]() 要旨: Branching is a critical step in RNA splicing that is essential for 5' splice site selection. Recent spliceosome structures have led to competing models for the recognition of the invariant adenosine ...Branching is a critical step in RNA splicing that is essential for 5' splice site selection. Recent spliceosome structures have led to competing models for the recognition of the invariant adenosine at the branch point. However, there are no structures of any splicing complex with the adenosine nucleophile docked in the active site and positioned to attack the 5' splice site. Thus we lack a mechanistic understanding of adenosine selection and splice site recognition during RNA splicing. Here we present a cryo-electron microscopy structure of a group II intron that reveals that active site dynamics are coupled to the formation of a base triple within the branch-site helix that positions the 2'-OH of the adenosine for nucleophilic attack on the 5' scissile phosphate. This structure, complemented with biochemistry and comparative analyses to splicing complexes, supports a base triple model of adenosine recognition for branching within group II introns and the evolutionarily related spliceosome. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 497.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 371.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29279MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 289257.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 65065.121 Da / 分子数: 1 / Mutation: G275D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: tll0114 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Group IIB intron in complex with its maturase protein タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 31.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38881 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |