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- PDB-8fe4: Structure of dengue virus (DENV2) in complex with prM13, an anti-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fe4
タイトルStructure of dengue virus (DENV2) in complex with prM13, an anti-PrM monoclonal antibody
要素
  • Envelope protein E
  • prM protein
  • prM13 Fab Heavy Chain
  • prM13 Fab Light Chain
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / DENV / flavivirus / prM antibody / prM13 / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Dowd, A.D. / Sirohi, D. / Speer, S. / Mukherjee, S. / Govero, J. / Aleshnick, M. / Larman, B. / Sukupolvi-Petty, S. / Sevvana, M. / Miller, A.S. ...Dowd, A.D. / Sirohi, D. / Speer, S. / Mukherjee, S. / Govero, J. / Aleshnick, M. / Larman, B. / Sukupolvi-Petty, S. / Sevvana, M. / Miller, A.S. / Klose, T. / Zheng, A. / Kielian, M. / Kuhn, R.J. / Diamond, M.S. / Pierson, T.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI073755 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: prM-reactive antibodies reveal a role for partially mature virions in dengue virus pathogenesis.
著者: Kimberly A Dowd / Devika Sirohi / Scott D Speer / Laura A VanBlargan / Rita E Chen / Swati Mukherjee / Bradley M Whitener / Jennifer Govero / Maya Aleshnick / Bridget Larman / Soila Sukupolvi- ...著者: Kimberly A Dowd / Devika Sirohi / Scott D Speer / Laura A VanBlargan / Rita E Chen / Swati Mukherjee / Bradley M Whitener / Jennifer Govero / Maya Aleshnick / Bridget Larman / Soila Sukupolvi-Petty / Madhumati Sevvana / Andrew S Miller / Thomas Klose / Aihua Zheng / Scott Koenig / Margaret Kielian / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / Theodore C Pierson /
要旨: Cleavage of the flavivirus premembrane (prM) structural protein during maturation can be inefficient. The contribution of partially mature flavivirus virions that retain uncleaved prM to pathogenesis ...Cleavage of the flavivirus premembrane (prM) structural protein during maturation can be inefficient. The contribution of partially mature flavivirus virions that retain uncleaved prM to pathogenesis during primary infection is unknown. To investigate this question, we characterized the functional properties of newly-generated dengue virus (DENV) prM-reactive monoclonal antibodies (mAbs) in vitro and using a mouse model of DENV disease. Anti-prM mAbs neutralized DENV infection in a virion maturation state-dependent manner. Alanine scanning mutagenesis and cryoelectron microscopy of anti-prM mAbs in complex with immature DENV defined two modes of attachment to a single antigenic site. In vivo, passive transfer of intact anti-prM mAbs resulted in an antibody-dependent enhancement of disease. However, protection against DENV-induced lethality was observed when the transferred mAbs were genetically modified to inhibit their ability to interact with Fcγ receptors. These data establish that in addition to mature forms of the virus, partially mature infectious prM virions can also contribute to pathogenesis during primary DENV infections.
履歴
登録2022年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
B: prM protein
H: prM13 Fab Heavy Chain
L: prM13 Fab Light Chain
C: Envelope protein E
D: prM protein
M: prM13 Fab Heavy Chain
N: prM13 Fab Light Chain
E: Envelope protein E
F: prM protein
O: prM13 Fab Heavy Chain
P: prM13 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,53112
ポリマ－300,53112
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope protein E
B: prM protein
H: prM13 Fab Heavy Chain
L: prM13 Fab Light Chain
C: Envelope protein E
D: prM protein
M: prM13 Fab Heavy Chain
N: prM13 Fab Light Chain
E: Envelope protein E
F: prM protein
O: prM13 Fab Heavy Chain
P: prM13 Fab Light Chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,031,890720
ポリマ－18,031,890720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Envelope protein E
B: prM protein
H: prM13 Fab Heavy Chain
L: prM13 Fab Light Chain
C: Envelope protein E
D: prM protein
M: prM13 Fab Heavy Chain
N: prM13 Fab Light Chain
E: Envelope protein E
F: prM protein
O: prM13 Fab Heavy Chain
P: prM13 Fab Light Chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.5 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,502,65760
ポリマ－1,502,65760
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Envelope protein E
B: prM protein
H: prM13 Fab Heavy Chain
L: prM13 Fab Light Chain
C: Envelope protein E
D: prM protein
M: prM13 Fab Heavy Chain
N: prM13 Fab Light Chain
E: Envelope protein E
F: prM protein
O: prM13 Fab Heavy Chain
P: prM13 Fab Light Chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.8 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,803,18972
ポリマ－1,803,18972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 43892.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A0A481XTV0
#2: タンパク質 prM protein


分子量: 9261.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A0A481XTV0
#3: 抗体 prM13 Fab Heavy Chain


分子量: 23777.656 Da / 分子数: 3 / Mutation: X1A,X2A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The homology model of the prM13 variable heavy chain domain (1-118) was pieced together with the crystal structure of the constant heavy chain domain, derived from ZV-67, which belongs to ...詳細: The homology model of the prM13 variable heavy chain domain (1-118) was pieced together with the crystal structure of the constant heavy chain domain, derived from ZV-67, which belongs to murine IgG2c isotype similar to prM13.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T/17 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 prM13 Fab Light Chain


分子量: 23245.510 Da / 分子数: 3 / Mutation: X1A,X4A,X106A,X103A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The homology model of the prM13 variable light chain domain (1-106) was pieced together with the crystal structure of the constant light chain domain, derived from ZV-67, which belongs to ...詳細: The homology model of the prM13 variable light chain domain (1-106) was pieced together with the crystal structure of the constant light chain domain, derived from ZV-67, which belongs to murine IgG2c isotype similar to prM13.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T/17 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mus musculus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)11060
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)7160
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
ウイルス殻直径: 500 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 8
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
13jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5458 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13C6E

3c6e

13C6E1PDBexperimental model
25KVG

5kvg

15KVG2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 9.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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