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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fcx | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TnsC oligomer in type I-B CAST system | ||||||
要素 | TnsC | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / TnsC / CAST | ||||||
機能・相同性 | : / AAA domain / ATP hydrolysis activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, L. / Wang, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Molecular mechanism for Tn7-like transposon recruitment by a type I-B CRISPR effector. 著者: Shukun Wang / Clinton Gabel / Romana Siddique / Thomas Klose / Leifu Chang / 要旨: Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key ...Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key feature of CASTs is their ability to recruit Tn7-like transposons to nuclease-deficient CRISPR effectors. However, how Tn7-like transposons are recruited by diverse CRISPR effectors remains poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of a recruitment complex comprising the Cascade complex, TniQ, TnsC, and the target DNA in the type I-B CAST from Peltigera membranacea cyanobiont 210A. Target DNA recognition by Cascade induces conformational changes in Cas6 and primes TniQ recruitment through its C-terminal domain. The N-terminal domain of TniQ is bound to the seam region of the TnsC spiral heptamer. Our findings provide insights into the diverse mechanisms for the recruitment of Tn7-like transposons to CRISPR effectors and will aid in the development of CASTs as gene knockin tools. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fcx.cif.gz | 307 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fcx.ent.gz | 253.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fcx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/8fcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/8fcx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 28998MC 8fcjC 8fcuC 8fcvC 8fcwC 8fd2C 8fd3C 8ff4C 8ff5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43521.934 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア) 遺伝子: CDG76_08990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IFM2 #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TnsC heptamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 193399 / 対称性のタイプ: POINT |