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- PDB-8f5z: Composite map of CryoEM structure of Arabidopsis thaliana phytoch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5z
タイトルComposite map of CryoEM structure of Arabidopsis thaliana phytochrome A
要素Phytochrome A
キーワードGENE REGULATION / phytochrome / asymmetric dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


response to continuous far red light stimulus by the high-irradiance response system / response to very low fluence red light stimulus / far-red light photoreceptor activity / red light signaling pathway / red or far-red light photoreceptor activity / gravitropism / response to far red light / phototropism / photomorphogenesis / detection of visible light ...response to continuous far red light stimulus by the high-irradiance response system / response to very low fluence red light stimulus / far-red light photoreceptor activity / red light signaling pathway / red or far-red light photoreceptor activity / gravitropism / response to far red light / phototropism / photomorphogenesis / detection of visible light / response to arsenic-containing substance / phosphorelay sensor kinase activity / response to cold / nuclear body / negative regulation of translation / protein kinase activity / nuclear speck / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region ...Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O6E / Phytochrome A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, H. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: The structure of Arabidopsis phytochrome A reveals topological and functional diversification among the plant photoreceptor isoforms.
著者: E Sethe Burgie / Hua Li / Zira T K Gannam / Katrice E McLoughlin / Richard D Vierstra / Huilin Li /
要旨: Plants employ a divergent cohort of phytochrome (Phy) photoreceptors to govern many aspects of morphogenesis through reversible photointerconversion between inactive Pr and active Pfr conformers. The ...Plants employ a divergent cohort of phytochrome (Phy) photoreceptors to govern many aspects of morphogenesis through reversible photointerconversion between inactive Pr and active Pfr conformers. The two most influential are PhyA whose retention of Pfr enables sensation of dim light, while the relative instability of Pfr for PhyB makes it better suited for detecting full sun and temperature. To better understand these contrasts, we solved, by cryo-electron microscopy, the three-dimensional structure of full-length PhyA as Pr. Like PhyB, PhyA dimerizes through head-to-head assembly of its C-terminal histidine kinase-related domains (HKRDs), while the remainder assembles as a head-to-tail light-responsive platform. Whereas the platform and HKRDs associate asymmetrically in PhyB dimers, these lopsided connections are absent in PhyA. Analysis of truncation and site-directed mutants revealed that this decoupling and altered platform assembly have functional consequences for Pfr stability of PhyA and highlights how plant Phy structural diversification has extended light and temperature perception.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phytochrome A
A: Phytochrome A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,5934
ポリマ－249,4202
非ポリマー1,1732
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Phytochrome A / Protein ELONGATED HYPOCOTYL 8 / Protein FAR RED ELONGATED 1 / Protein FAR RED ELONGATED HYPOCOTYL 2


分子量: 124709.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHYA, FHY2, FRE1, HY8, At1g09570, F14J9.23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14712
#2: 化合物 ChemComp-O6E / 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 586.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: phytochrome A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.249 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
175 mMpotassium chlorideKCl1
220 mMHEPESC9H20N2O4S1
310 mM2-MercaptoethanolC2H6OS1
40.01 mMEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 299 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 193 K / 最低温度: 193 K / Residual tilt: 0.05 mradians
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6390
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1.10CTF補正
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
9PHENIX1.2モデル精密化
13cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3777726
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 421968 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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