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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ez7 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | Hydrolase/Immune System / antibody / neuraminidase / influenza / Hydrolase-Immune System complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Mou, Z. / Lei, R. / Wu, N.C. / Dai, X. | |||||||||||||||
資金援助 | 4件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2023 タイトル: Leveraging vaccination-induced protective antibodies to define conserved epitopes on influenza N2 neuraminidase. 著者: Ruipeng Lei / Wooseob Kim / Huibin Lv / Zongjun Mou / Michael J Scherm / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Timothy J C Tan / Yiquan Wang / Wenhao O Ouyang / Weiwen Liang / Joel Rivera- ...著者: Ruipeng Lei / Wooseob Kim / Huibin Lv / Zongjun Mou / Michael J Scherm / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Timothy J C Tan / Yiquan Wang / Wenhao O Ouyang / Weiwen Liang / Joel Rivera-Cardona / Chuyun Teo / Claire S Graham / Christopher B Brooke / Rachel M Presti / Chris K P Mok / Florian Krammer / Xinghong Dai / Ali H Ellebedy / Nicholas C Wu / 要旨: There is growing appreciation for neuraminidase (NA) as an influenza vaccine target; however, its antigenicity remains poorly characterized. In this study, we isolated three broadly reactive N2 ...There is growing appreciation for neuraminidase (NA) as an influenza vaccine target; however, its antigenicity remains poorly characterized. In this study, we isolated three broadly reactive N2 antibodies from the plasmablasts of a single vaccinee, including one that cross-reacts with NAs from seasonal H3N2 strains spanning five decades. Although these three antibodies have diverse germline usages, they recognize similar epitopes that are distant from the NA active site and instead involve the highly conserved underside of NA head domain. We also showed that all three antibodies confer prophylactic and therapeutic protection in vivo, due to both Fc effector functions and NA inhibition through steric hindrance. Additionally, the contribution of Fc effector functions to protection in vivo inversely correlates with viral growth inhibition activity in vitro. Overall, our findings advance the understanding of NA antibody response and provide important insights into the development of a broadly protective influenza vaccine. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ez7.cif.gz | 135.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ez7.ent.gz | 102.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ez7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ez7_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ez7_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ez7_validation.xml.gz | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ez7_validation.cif.gz | 45.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ez7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ez7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28729MC 8ez3C 8ez8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#3: タンパク質 | 分子量: 42767.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Moscow/10/1999(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8AZ87, exo-alpha-sialidase |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 13984.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 抗体 | 分子量: 11820.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 3種, 5分子
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 | ChemComp-MAN / |
#6: 糖 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase タイプ: COMPLEX 詳細: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 480812 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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