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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8euf | ||||||
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タイトル | Class2 of the INO80-Nucleosome complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/Hydrolase / Chromatin Remodeler / hexasome / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-Hydrolase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 R2TP complex / Swr1 complex / regulation of TOR signaling / telomere maintenance via recombination / Ino80 complex / regulation of metabolic process / 5'-3' DNA helicase activity / box C/D snoRNP assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 3'-5' DNA helicase activity ...R2TP complex / Swr1 complex / regulation of TOR signaling / telomere maintenance via recombination / Ino80 complex / regulation of metabolic process / 5'-3' DNA helicase activity / box C/D snoRNP assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA duplex unwinding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / rRNA processing / histone binding / ヘリカーゼ / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / protein stabilization / クロマチンリモデリング / DNA修復 / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, H. / Munoz, E. / Gourdet, M. / Narlikar, G. / Cheng, Y.F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: Reorientation of INO80 on hexasomes reveals basis for mechanistic versatility. 著者: Hao Wu / Elise N Muñoz / Laura J Hsieh / Un Seng Chio / Muryam A Gourdet / Geeta J Narlikar / Yifan Cheng / 要旨: Unlike other chromatin remodelers, INO80 preferentially mobilizes hexasomes, which can form during transcription. Why INO80 prefers hexasomes over nucleosomes remains unclear. Here, we report ...Unlike other chromatin remodelers, INO80 preferentially mobilizes hexasomes, which can form during transcription. Why INO80 prefers hexasomes over nucleosomes remains unclear. Here, we report structures of INO80 bound to a hexasome or a nucleosome. INO80 binds the two substrates in substantially different orientations. On a hexasome, INO80 places its ATPase subunit, Ino80, at superhelical location -2 (SHL -2), in contrast to SHL -6 and SHL -7, as previously seen on nucleosomes. Our results suggest that INO80 action on hexasomes resembles action by other remodelers on nucleosomes such that Ino80 is maximally active near SHL -2. The SHL -2 position also plays a critical role for nucleosome remodeling by INO80. Overall, the mechanistic adaptations used by INO80 for preferential hexasome sliding imply that subnucleosomal particles play considerable regulatory roles. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8euf.cif.gz | 749.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8euf.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8euf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/8euf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/8euf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 28613MC 8etsC 8ettC 8etuC 8etvC 8etwC 8eu2C 8eu9C 8eueC 8eujC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Chromatin-remodeling ... , 2種, 2分子 QS
#1: タンパク質 | 分子量: 171693.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P53115, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 18564.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32617 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 RZ
#2: タンパク質 | 分子量: 87682.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53946 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 36210.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40154 |
-RuvB-like protein ... , 2種, 6分子 TVXUWY
#4: タンパク質 | 分子量: 50516.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03940, ヘリカーゼ #5: タンパク質 | 分子量: 50539.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12464, ヘリカーゼ |
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-非ポリマー , 1種, 6分子
#7: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: INO80-Ncp / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3, #6 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: OTHER |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44535 / 対称性のタイプ: POINT |