[日本語] English
万見
- PDB-8erk: Acheta domesticus segmented densovirus, high buoyancy (HB) capsid... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8erk
タイトルAcheta domesticus segmented densovirus, high buoyancy (HB) capsid, a mixed population of empty and immature full particles
要素Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / parvovirus (パルボウイルス) / densovirus / virus capsid / virion (ウイルス) / insect virus / capsid (カプシド) / invertebrate (無脊椎動物)
生物種unclassified Densovirinae (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Penzes, J.J. / McKenna, R. / Tijssen, P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD018142 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)RR025080 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Bipartite genome and structural organization of the parvovirus Acheta domesticus segmented densovirus.
著者: Judit J Pénzes / Hanh T Pham / Paul Chipman / Emmanuel W Smith / Robert McKenna / Peter Tijssen /
要旨: Parvoviruses (family Parvoviridae) are currently defined by a linear monopartite ssDNA genome, T = 1 icosahedral capsids, and distinct structural (VP) and non-structural (NS) protein expression ...Parvoviruses (family Parvoviridae) are currently defined by a linear monopartite ssDNA genome, T = 1 icosahedral capsids, and distinct structural (VP) and non-structural (NS) protein expression cassettes within their genome. We report the discovery of a parvovirus with a bipartite genome, Acheta domesticus segmented densovirus (AdSDV), isolated from house crickets (Acheta domesticus), in which it is pathogenic. We found that the AdSDV harbors its NS and VP cassettes on two separate genome segments. Its vp segment acquired a phospholipase A2-encoding gene, vpORF3, via inter-subfamily recombination, coding for a non-structural protein. We showed that the AdSDV evolved a highly complex transcription profile in response to its multipartite replication strategy compared to its monopartite ancestors. Our structural and molecular examinations revealed that the AdSDV packages one genome segment per particle. The cryo-EM structures of two empty- and one full-capsid population (3.3, 3.1 and 2.3 Å resolution) reveal a genome packaging mechanism, which involves an elongated C-terminal tail of the VP, "pinning" the ssDNA genome to the capsid interior at the twofold symmetry axis. This mechanism fundamentally differs from the capsid-DNA interactions previously seen in parvoviruses. This study provides new insights on the mechanism behind ssDNA genome segmentation and on the plasticity of parvovirus biology.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2921
ポリマ－36,2921
非ポリマー00
水0
1
A: Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,177,51460
ポリマ－2,177,51460
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 181 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,4605
ポリマ－181,4605
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 218 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,7516
ポリマ－217,7516
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質 Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein


分子量: 36291.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) unclassified Densovirinae (ウイルス)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: unclassified Densovirinae / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: unclassified Densovirinae (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Acheta domesticus
ウイルス殻名称: Acheta domesticus segmented densovirus capsid / 直径: 210 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 1 x / 名称: Phosphate-buffered saline
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Deceased common house crickets, previously showing signs of paralysis, inability to jump, and inability to control movement
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: その他 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 650 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1127
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cisTEM1.0.0粒子像選択
2cisTEM1.0.0画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9Coot0.8.9.3モデル精密化
10PHENIX1.20.1モデル精密化
12cisTEM1.0.0最終オイラー角割当
13cisTEM1.0.0分類
14cisTEM1.0.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 98920
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59211 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3UX1

3ux1


PDB chain-ID: A / Accession code: 3UX1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011305160
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.009551580
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.589157860
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05624060
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00547460

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る