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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8emq | ||||||||||||
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タイトル | Mouse apoferritin heavy chain with zinc determined using single-particle cryo-EM with Apollo camera. | ||||||||||||
要素 | Ferritin heavy chain, N-terminally processed | ||||||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / bind with iron | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / autophagosome / Neutrophil degranulation / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.66 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Peng, R. / Fu, X. / Mendez, J.H. / Randolph, P.H. / Bammes, B. / Stagg, S.M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2023 タイトル: Characterizing the resolution and throughput of the Apollo direct electron detector. 著者: Ruizhi Peng / Xiaofeng Fu / Joshua H Mendez / Peter S Randolph / Benjamin E Bammes / Scott M Stagg / 要旨: Advances in electron detection have been essential to the success of high-resolution cryo-EM structure determination. A new generation of direct electron detector called the Apollo, has been ...Advances in electron detection have been essential to the success of high-resolution cryo-EM structure determination. A new generation of direct electron detector called the Apollo, has been developed by Direct Electron. The Apollo uses a novel event-based MAPS detector custom designed for ultra-fast electron counting. We have evaluated this new camera, finding that it delivers high detective quantum efficiency (DQE) and low coincidence loss, enabling high-quality electron counting data acquisition at up to nearly 80 input electrons per pixel per second. We further characterized the performance of Apollo for single particle cryo-EM on real biological samples. Using mouse apoferritin, Apollo yielded better than 1.9 Å resolution reconstructions at all three tested dose rates from a half-day data collection session each. With longer collection time and improved specimen preparation, mouse apoferritin was reconstructed to 1.66 Å resolution. Applied to a more challenging small protein aldolase, we obtained a 2.24 Å resolution reconstruction. The high quality of the map indicates that the Apollo has sufficiently high DQE to reconstruct smaller proteins and complexes with high-fidelity. Our results demonstrate that the Apollo camera performs well across a broad range of dose rates and is capable of capturing high quality data that produce high-resolution reconstructions for large and small single particle samples. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8emq.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8emq.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8emq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8emq_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8emq_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8emq_validation.xml.gz | 119.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8emq_validation.cif.gz | 157.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28259MC 8ehgC 8en7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20079.594 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09528 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mouse apoferritin heavy chain / タイプ: COMPLEX 詳細: Ferritin is a universal intracellular protein that stores iron and releases it in a controlled fashion. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.506 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: DTT are added freshly before use. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 72621 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 80 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.597 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3804 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 4.34 µm / 横: 8192 / 縦: 8192 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Direct Electron Apollo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 183073 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 286970 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |