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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ekl | ||||||
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タイトル | Clostridioides difficile binary toxin translocase CDTb wild-type after calcium depletion from receptor binding domain 1 (RBD1) - Class 1 | ||||||
要素 | ADP-ribosyltransferase binding component | ||||||
キーワード | TOXIN / translocase / binary toxin / pore-forming | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein homooligomerization / transferase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
データ登録者 | Abeyawardhane, D.L. / Pozharski, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Calcium-mediated Pore Formation of Clostridioides difficile Binary Toxin 著者: Abeyawardhane, D.L. / Adipietro, K.A. / Ruiz, R.G. / Varney, K.M. / Rustandi, R.R. / Silin, V.I. / Pozharski, E. / Weber, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ekl.cif.gz | 504.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ekl.ent.gz | 397.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ekl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ekl_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ekl_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ekl_validation.xml.gz | 74.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ekl_validation.cif.gz | 111.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/8ekl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/8ekl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28206MC 8ekkC 8ekmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74679.086 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 株: R20291 / 遺伝子: cdtB / 細胞株 (発現宿主): expresSF+ 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O32739 #2: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Single heptamer (class 1) of Clostridioides difficile binary toxin translocase CDTb wild-type after depletion of calcium from RBD1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: R20291 | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1109860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33531 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 | Accession code: 6UWR / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 6UWR / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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拘束条件 |
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