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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eep | |||||||||
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タイトル | T=1 particle HIV-1 CA G60A/G61P | |||||||||
要素 | Gag polyprotein | |||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / HIV-1 / capsid / declination / pentamer / hexamer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Schirra, R.T. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: A molecular switch modulates assembly and host factor binding of the HIV-1 capsid. 著者: Randall T Schirra / Nayara F B Dos Santos / Kaneil K Zadrozny / Iga Kucharska / Barbie K Ganser-Pornillos / Owen Pornillos / 要旨: The HIV-1 capsid is a fullerene cone made of quasi-equivalent hexamers and pentamers of the viral CA protein. Typically, quasi-equivalent assembly of viral capsid subunits is controlled by a ...The HIV-1 capsid is a fullerene cone made of quasi-equivalent hexamers and pentamers of the viral CA protein. Typically, quasi-equivalent assembly of viral capsid subunits is controlled by a molecular switch. Here, we identify a Thr-Val-Gly-Gly motif that modulates CA hexamer/pentamer switching by folding into a 3 helix in the pentamer and random coil in the hexamer. Manipulating the coil/helix configuration of the motif allowed us to control pentamer and hexamer formation in a predictable manner, thus proving its function as a molecular switch. Importantly, the switch also remodels the common binding site for host factors that are critical for viral replication and the new ultra-potent HIV-1 inhibitor lenacapavir. This study reveals that a critical assembly element also modulates the post-assembly and viral replication functions of the HIV-1 capsid and provides new insights on capsid function and inhibition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eep.cif.gz | 58.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eep.ent.gz | 40.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eep_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8eep_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8eep_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eep_validation.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eep | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28054MC 7urnC 7urtC 8eetC 8ejlC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25684.516 Da / 分子数: 1 / 変異: G60A, G61P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0 | ||
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#2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T=1 particle of HIV-1 CA G60A/G61P/M66A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Manual plunge-freezing |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 494057 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: IP6 molecules were fit as rigid bodies in myo conformation | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4XFX Accession code: 4XFX / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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