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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ebp | ||||||
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タイトル | HMPV F dimer bound to RSV-199 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Human antibody / RSV and MPV fusion protein / complex cryo-EM structure / viral protein and antiviral protein | ||||||
生物種 | Human metapneumovirus A (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.38 Å | ||||||
データ登録者 | Wen, X. / Jardetzky, T.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023 タイトル: Potent cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus through a structurally conserved antibody recognition mode. 著者: Xiaolin Wen / Naveenchandra Suryadevara / Nurgun Kose / Jing Liu / Xiaoyan Zhan / Laura S Handal / Lauren E Williamson / Andrew Trivette / Robert H Carnahan / Theodore S Jardetzky / James E Crowe / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F ...Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F antibodies from a human donor. One antibody (RSV-199) potently cross-neutralized 8 RSV and hMPV strains by recognizing antigenic site III, which is partially conserved in RSV and hMPV F. Next, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of RSV-199 bound to RSV F trimers, hMPV F monomers, and an unexpected dimeric form of hMPV F. These structures revealed how RSV-199 engages both RSV and hMPV F proteins through conserved interactions of the antibody heavy-chain variable region and how variability within heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) can be accommodated at the F protein interface in site-III-directed antibodies. Furthermore, RSV-199 offered enhanced protection against RSV A and B strains and hMPV in cotton rats. These findings highlight the mechanisms of broad neutralization and therapeutic potential of RSV-199. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ebp.cif.gz | 301.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ebp.ent.gz | 240.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ebp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ebp_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ebp_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ebp_validation.xml.gz | 54.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ebp_validation.cif.gz | 81.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47513.301 Da / 分子数: 2 / 変異: Q100R, S101R, A113C, D185P, A339C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human metapneumovirus A (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 22819.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 24022.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Human metapneumovirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 40000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 3451 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2774162 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 563257 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4DAG PDB chain-ID: A / Accession code: 4DAG / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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