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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ear | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the full-length IP3R1 channel determined in the presence of Calcium/IP3/ATP | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 | ||||||||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Calcium channel / lipid nanodisc | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Effects of PIP2 hydrolysis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cGMP effects / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense tubular network / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / epithelial fluid transport ...Effects of PIP2 hydrolysis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / cGMP effects / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense tubular network / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / epithelial fluid transport / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / voluntary musculoskeletal movement / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of calcium-mediated signaling / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of hepatocyte proliferation / nuclear inner membrane / transport vesicle membrane / Ion homeostasis / dendrite development / intracellularly gated calcium channel activity / ligand-gated ion channel signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / GABA-ergic synapse / calcium channel inhibitor activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to cAMP / phosphatidylinositol binding / post-embryonic development / secretory granule membrane / sarcoplasmic reticulum / synaptic membrane / liver regeneration / calcium ion transmembrane transport / calcium-mediated signaling / Schaffer collateral - CA1 synapse / cell morphogenesis / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of neuron projection development / calcium ion transport / presynapse / nuclear envelope / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hypoxia / protein phosphatase binding / postsynapse / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / neuronal cell body / dendrite / synapse / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Fan, G. / Baker, M.R. / Terry, L.E. / Arige, V. / Chen, M. / Seryshev, A.B. / Baker, M.L. / Ludtke, S.J. / Yule, D.I. / Serysheva, I.I. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational motions and ligand-binding underlying gating and regulation in IPR channel. 著者: Guizhen Fan / Mariah R Baker / Lara E Terry / Vikas Arige / Muyuan Chen / Alexander B Seryshev / Matthew L Baker / Steven J Ludtke / David I Yule / Irina I Serysheva / ![]() 要旨: Inositol-1,4,5-trisphosphate receptors (IPRs) are activated by IP and Ca and their gating is regulated by various intracellular messengers that finely tune the channel activity. Here, using single ...Inositol-1,4,5-trisphosphate receptors (IPRs) are activated by IP and Ca and their gating is regulated by various intracellular messengers that finely tune the channel activity. Here, using single particle cryo-EM analysis we determined 3D structures of the nanodisc-reconstituted IPR1 channel in two ligand-bound states. These structures provide unprecedented details governing binding of IP, Ca and ATP, revealing conformational changes that couple ligand-binding to channel opening. Using a deep-learning approach and 3D variability analysis we extracted molecular motions of the key protein domains from cryo-EM density data. We find that IP binding relies upon intrinsic flexibility of the ARM2 domain in the tetrameric channel. Our results highlight a key role of dynamic side chains in regulating gating behavior of IPR channels. This work represents a stepping-stone to developing mechanistic understanding of conformational pathways underlying ligand-binding, activation and regulation of the channel. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 262.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 385.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27983MC ![]() 8eaqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 313657.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 56分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/I3P.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PLX.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/I3P.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PLX.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-I3P / #5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | ChemComp-PLX / ( |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Type 1 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor tetrameric protein complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.3 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: reconstituted in lipid nanodisc |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 46943 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 24478 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3840 / 縦: 3712 / 動画フレーム数/画像: 35 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1452797 / 詳細: NeuralNet autopicking in EMAN2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133740 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7LHE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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