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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eaq | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the full-length IP3R1 channel determined at high Ca2+ | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Calcium channel / lipid nanodisc | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Effects of PIP2 hydrolysis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / cGMP effects / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense granule membrane / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / platelet dense tubular network / calcineurin complex ...Effects of PIP2 hydrolysis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / cGMP effects / smooth endoplasmic reticulum membrane / platelet dense granule membrane / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / platelet dense tubular network / calcineurin complex / epithelial fluid transport / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / calcium import into the mitochondrion / voluntary musculoskeletal movement / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of calcium-mediated signaling / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of hepatocyte proliferation / nuclear inner membrane / Ion homeostasis / transport vesicle membrane / dendrite development / ligand-gated ion channel signaling pathway / intracellularly gated calcium channel activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / single fertilization / calcium channel inhibitor activity / GABA-ergic synapse / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to cAMP / regulation of cytosolic calcium ion concentration / post-embryonic development / phosphatidylinositol binding / sarcoplasmic reticulum / secretory granule membrane / synaptic membrane / liver regeneration / cell morphogenesis / positive regulation of insulin secretion / Schaffer collateral - CA1 synapse / positive regulation of neuron projection development / calcium ion transport / nuclear envelope / presynapse / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hypoxia / protein phosphatase binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / postsynapse / postsynaptic density / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / synapse / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Fan, G. / Baker, M.R. / Terry, L.E. / Arige, V. / Chen, M. / Seryshev, A.B. / Baker, M.L. / Ludtke, S.J. / Yule, D.I. / Serysheva, I.I. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Conformational motions and ligand-binding underlying gating and regulation in IPR channel. 著者: Guizhen Fan / Mariah R Baker / Lara E Terry / Vikas Arige / Muyuan Chen / Alexander B Seryshev / Matthew L Baker / Steven J Ludtke / David I Yule / Irina I Serysheva / 要旨: Inositol-1,4,5-trisphosphate receptors (IPRs) are activated by IP and Ca and their gating is regulated by various intracellular messengers that finely tune the channel activity. Here, using single ...Inositol-1,4,5-trisphosphate receptors (IPRs) are activated by IP and Ca and their gating is regulated by various intracellular messengers that finely tune the channel activity. Here, using single particle cryo-EM analysis we determined 3D structures of the nanodisc-reconstituted IPR1 channel in two ligand-bound states. These structures provide unprecedented details governing binding of IP, Ca and ATP, revealing conformational changes that couple ligand-binding to channel opening. Using a deep-learning approach and 3D variability analysis we extracted molecular motions of the key protein domains from cryo-EM density data. We find that IP binding relies upon intrinsic flexibility of the ARM2 domain in the tetrameric channel. Our results highlight a key role of dynamic side chains in regulating gating behavior of IPR channels. This work represents a stepping-stone to developing mechanistic understanding of conformational pathways underlying ligand-binding, activation and regulation of the channel. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eaq.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eaq.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8eaq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eaq_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8eaq_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8eaq_validation.xml.gz | 254.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eaq_validation.cif.gz | 375.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8eaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/8eaq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27982MC 8earC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 313657.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: cerebellum / 参照: UniProt: P29994 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-PLX / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Type 1 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor tetrameric protein complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.3 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: membrane / 器官: cerebellum / Organelle: endoplasmic reticulum |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: reconstituted in lipid nanodisc |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 46943 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 25125 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3840 / 縦: 3712 / 動画フレーム数/画像: 35 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1955320 / 詳細: NeuralNet autopicking in EMAN2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 346731 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7LHE Accession code: 7LHE / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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