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万見
- PDB-8eam: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged part... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eam
タイトルSsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities
要素
  • DNA
  • Minichromosome maintenance protein MCM
キーワードREPLICATION / TRANSFERASE/DNA / Helicase / ATPase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex / DNA duplex unwinding / helicase activity / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain ...: / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08T / DNA / DNA (> 10) / Minichromosome maintenance protein MCM
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Meagher, M. / Myasnikov, A. / Enemark, E.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136313 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098771 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Two Distinct Modes of DNA Binding by an MCM Helicase Enable DNA Translocation.
著者: Martin Meagher / Alexander Myasnikov / Eric J Enemark /
要旨: A six-subunit ATPase ring forms the central hub of the replication forks in all domains of life. This ring performs a helicase function to separate the two complementary DNA strands to be replicated ...A six-subunit ATPase ring forms the central hub of the replication forks in all domains of life. This ring performs a helicase function to separate the two complementary DNA strands to be replicated and drives the replication machinery along the DNA. Disruption of this helicase/ATPase ring is associated with genetic instability and diseases such as cancer. The helicase/ATPase rings of eukaryotes and archaea consist of six minichromosome maintenance (MCM) proteins. Prior structural studies have shown that MCM rings bind one encircled strand of DNA in a spiral staircase, suggesting that the ring pulls this strand of DNA through its central pore in a hand-over-hand mechanism where the subunit at the bottom of the staircase dissociates from DNA and re-binds DNA one step above the staircase. With high-resolution cryo-EM, we show that the MCM ring of the archaeal organism binds an encircled DNA strand in two different modes with different numbers of subunits engaged to DNA, illustrating a plausible mechanism for the alternating steps of DNA dissociation and re-association that occur during DNA translocation.
履歴
登録2022年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minichromosome maintenance protein MCM
B: Minichromosome maintenance protein MCM
C: Minichromosome maintenance protein MCM
D: Minichromosome maintenance protein MCM
E: Minichromosome maintenance protein MCM
F: Minichromosome maintenance protein MCM
X: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)417,91621
ポリマ－415,4577
非ポリマー2,45814
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 7分子 ABCDEFX

#1: タンパク質
Minichromosome maintenance protein MCM


分子量: 68641.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: MCM, SSO0774 / プラスミド: pEE078.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): -RIPL / 参照: UniProt: Q9UXG1, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 3605.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 26分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium


分子量: 492.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14BeF3N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pEE078.1
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 78 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC2.14.2CTF補正
7PHENIX1.20.1_4487モデルフィッティング
9cryoSPARC2.14.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.31最終オイラー角割当Homo_Refine_New
11cryoSPARC3.31分類Hetero_Refine
12cryoSPARC3.31３次元再構成Homo_Refine_New
13PHENIX1.20.1_4487モデル精密化phenix.real_speace_refine
CTF補正詳細: Initial CTF was calculated by cryoSPARC Patch CTF. CTF parameters were refined during final homogeneous refinement in cryoSPARC.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: Particles were merged from 3 different datasets that differ in the specific DNA present. The particles for each individual structure were selected in equivalent ways: Particles were selected ...詳細: Particles were merged from 3 different datasets that differ in the specific DNA present. The particles for each individual structure were selected in equivalent ways: Particles were selected from a subset of micrographs with cryoSPARC blob picker. 2D class averages were calculated, selected and used as templates with cryoSPARC template picker.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1493596 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: Bond distance and angle restraints for a tetrahedral Zn2+ coordination were applied. Bond distance and angle restraints for a octahedral Mg2+ coordination were applied.
原子モデル構築PDB-ID: 6MII

6mii


PDB chain-ID: B / Accession code: 6MII / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00224624
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45333352
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2863464
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443848
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0034235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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