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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eaj | |||||||||
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タイトル | SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and 46-mer DNA strand. Class 1 | |||||||||
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![]() | REPLICATION / TRANSFERASE/DNA / Helicase / ATPase / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / DNA unwinding involved in DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
![]() | Meagher, M. / Myasnikov, A. / Enemark, E.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Two Distinct Modes of DNA Binding by an MCM Helicase Enable DNA Translocation. 著者: Martin Meagher / Alexander Myasnikov / Eric J Enemark / ![]() 要旨: A six-subunit ATPase ring forms the central hub of the replication forks in all domains of life. This ring performs a helicase function to separate the two complementary DNA strands to be replicated ...A six-subunit ATPase ring forms the central hub of the replication forks in all domains of life. This ring performs a helicase function to separate the two complementary DNA strands to be replicated and drives the replication machinery along the DNA. Disruption of this helicase/ATPase ring is associated with genetic instability and diseases such as cancer. The helicase/ATPase rings of eukaryotes and archaea consist of six minichromosome maintenance (MCM) proteins. Prior structural studies have shown that MCM rings bind one encircled strand of DNA in a spiral staircase, suggesting that the ring pulls this strand of DNA through its central pore in a hand-over-hand mechanism where the subunit at the bottom of the staircase dissociates from DNA and re-binds DNA one step above the staircase. With high-resolution cryo-EM, we show that the MCM ring of the archaeal organism binds an encircled DNA strand in two different modes with different numbers of subunits engaged to DNA, illustrating a plausible mechanism for the alternating steps of DNA dissociation and re-association that occur during DNA translocation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 694.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 94.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 145.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27978MC ![]() 8eafC ![]() 8eagC ![]() 8eahC ![]() 8eaiC ![]() 8eakC ![]() 8ealC ![]() 8eamC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 7分子 ABCDEFX
#1: タンパク質 | 分子量: 68641.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: MCM, SSO0774 / プラスミド: pEE078.1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 13975.942 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 31分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/08T.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/08T.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-08T / [[[( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and 46-mer DNA strand. Class 1. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 78 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Initial CTF was calculated by cryoSPARC Patch CTF. CTF parameters were refined during final homogeneous refinement in cryoSPARC. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 詳細: Particles were selected from a subset of micrographs with cryoSPARC blob picker. 2D class averages were calculated, selected and used as templates with cryoSPARC template picker. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 832313 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER 詳細: Bond distance and angle restraints for a tetrahedral Zn2+ coordination were applied. Bond distance and angle restraints for a octahedral Mg2+ coordination were applied. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6MII PDB chain-ID: B / Accession code: 6MII / Source name: PDB / タイプ: experimental model |