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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e3b | ||||||
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タイトル | Purification of Enterovirus A71, strain 4643, WT capsid | ||||||
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![]() | VIRUS / enterovirus / thermostability / capsid | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | ||||||
![]() | Catching, A. / Capponi, S. / Andino, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A tradeoff between enterovirus A71 particle stability and cell entry. 著者: Adam Catching / Ming Te Yeh / Simone Bianco / Sara Capponi / Raul Andino / ![]() 要旨: A central role of viral capsids is to protect the viral genome from the harsh extracellular environment while facilitating initiation of infection when the virus encounters a target cell. Viruses are ...A central role of viral capsids is to protect the viral genome from the harsh extracellular environment while facilitating initiation of infection when the virus encounters a target cell. Viruses are thought to have evolved an optimal equilibrium between particle stability and efficiency of cell entry. In this study, we genetically perturb this equilibrium in a non-enveloped virus, enterovirus A71 to determine its structural basis. We isolate a single-point mutation variant with increased particle thermotolerance and decreased efficiency of cell entry. Using cryo-electron microscopy and molecular dynamics simulations, we determine that the thermostable native particles have acquired an expanded conformation that results in a significant increase in protein dynamics. Examining the intermediate states of the thermostable variant reveals a potential pathway for uncoating. We propose a sequential release of the lipid pocket factor, followed by internal VP4 and ultimately the viral RNA. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27862MC ![]() 8e2xC ![]() 8e2yC ![]() 8e31C ![]() 8e38C ![]() 8e39C ![]() 8e3aC ![]() 8e3cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25366.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: G9I191, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25803.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: G9I191, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 25811.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): RD / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: G9I191, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human enterovirus 71 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 名称: Capsid / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 1 |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 64.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 横: 6000 / 縦: 4000 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 246 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3VBS Accession code: 3VBS / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 105.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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