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万見
- PDB-8e29: Human Dis3L2 in complex with hairpin C-U12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+29
タイトルHuman Dis3L2 in complex with hairpin C-U12
要素
  • DIS3-like exonuclease 2
  • RNA hairpin C-U12
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / 3'-5' exonuclease / ds-RNA bound exonuclease / human exonuclease / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / miRNA catabolic process / mitotic sister chromatid separation / : / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / poly(U) RNA binding / stem cell population maintenance / : / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity ...polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / miRNA catabolic process / mitotic sister chromatid separation / : / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / poly(U) RNA binding / stem cell population maintenance / : / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / P-body / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / negative regulation of cell population proliferation / cell division / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DIS3-like exonuclease 2 / DIS3-like exonuclease 2, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 C terminal / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R ...DIS3-like exonuclease 2 / DIS3-like exonuclease 2, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 C terminal / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / DIS3-like exonuclease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Meze, K. / Thomas, D.R. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM114147 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: A shape-shifting nuclease unravels structured RNA.
著者: Katarina Meze / Armend Axhemi / Dennis R Thomas / Ahmet Doymaz / Leemor Joshua-Tor /
要旨: RNA turnover pathways ensure appropriate gene expression levels by eliminating unwanted transcripts. Dis3-like 2 (Dis3L2) is a 3'-5' exoribonuclease that plays a critical role in human development. ...RNA turnover pathways ensure appropriate gene expression levels by eliminating unwanted transcripts. Dis3-like 2 (Dis3L2) is a 3'-5' exoribonuclease that plays a critical role in human development. Dis3L2 independently degrades structured substrates, including coding and noncoding 3' uridylated RNAs. While the basis for Dis3L2's substrate recognition has been well characterized, the mechanism of structured RNA degradation by this family of enzymes is unknown. We characterized the discrete steps of the degradation cycle by determining cryogenic electron microscopy structures representing snapshots along the RNA turnover pathway and measuring kinetic parameters for RNA processing. We discovered a dramatic conformational change that is triggered by double-stranded RNA (dsRNA), repositioning two cold shock domains by 70 Å. This movement exposes a trihelix linker region, which acts as a wedge to separate the two RNA strands. Furthermore, we show that the trihelix linker is critical for dsRNA, but not single-stranded RNA, degradation. These findings reveal the conformational plasticity of Dis3L2 and detail a mechanism of structured RNA degradation.
履歴
登録2022年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIS3-like exonuclease 2
B: RNA hairpin C-U12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,8002
ポリマ－109,8002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The complex eluted as a homogeneous, Gaussian peak, shifted to a smaller elution volume as compared to the protein or RNA alone and the 260 nm absorption was greater than that ...根拠: gel filtration, The complex eluted as a homogeneous, Gaussian peak, shifted to a smaller elution volume as compared to the protein or RNA alone and the 260 nm absorption was greater than that of the 280 indicating the presence of RNA in that peak. The structure is highly similar to that of the mouse Dis3L2 (PDB: 4PMW)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 DIS3-like exonuclease 2 / hDIS3L2


分子量: 99414.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIS3L2, FAM6A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IYB7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 RNA hairpin C-U12


分子量: 10386.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Wild-type HsDis3L2 in complex with hairpinC-U12 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
35 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 62.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4761
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3855: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.5画像取得
4Warp1.0.8CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC3.1.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.1.0最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.1.0分類
12cryoSPARC3.1.0３次元再構成
13PHENIX1.18-3855-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 1375384
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 531561 / 詳細: CryoSPARC non-uniform refinement / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: The model of Homo Sapiens Dis3L2 was used as a starting reference for the protein and the nucleic acid was used from PDB 4PMW. All manual building was done in Coot. The hairpin of the RNA was ...詳細: The model of Homo Sapiens Dis3L2 was used as a starting reference for the protein and the nucleic acid was used from PDB 4PMW. All manual building was done in Coot. The hairpin of the RNA was built by using the dsRNA from PDB 5W0O as a template. The nucleotides were mutated to the sequence of hairpinC-U12. To guide the building of the tetraloop, PDB 1F7Y was used to guide the introduction of restraints in the UUCG tetraloop. All model refinements were done in PHENIX.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
15W0O

5w0o

C5W0O1
25W0O

5w0o

D5W0O1
31F7Y

1f7y

A1F7Y2
44PMW

4pmw

C4PMW3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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