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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dyo | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Importin-4 bound to RanGTP | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Importin / Karyopherin / GTPase / nuclear import | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cell cycle phase transition / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / nucleus organization / protein localization to nucleus / ribosomal subunit export from nucleus ...regulation of cell cycle phase transition / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / nucleus organization / protein localization to nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / GTPase activity / GTP binding / chromatin / protein-containing complex / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bernardes, N.E. / Fung, H.Y.J. / Li, Y. / Chen, Z. / Chook, Y.M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structure of IMPORTIN-4 bound to the H3-H4-ASF1 histone-histone chaperone complex. 著者: Natália Elisa Bernardes / Ho Yee Joyce Fung / Yang Li / Zhe Chen / Yuh Min Chook / 要旨: IMPORTIN-4, the primary nuclear import receptor of core histones H3 and H4, binds the H3-H4 dimer and histone chaperone ASF1 prior to nuclear import. However, how H3-H3-ASF1 is recognized for ...IMPORTIN-4, the primary nuclear import receptor of core histones H3 and H4, binds the H3-H4 dimer and histone chaperone ASF1 prior to nuclear import. However, how H3-H3-ASF1 is recognized for transport cannot be explained by available crystal structures of IMPORTIN-4-histone tail peptide complexes. Our 3.5-Å IMPORTIN-4-H3-H4-ASF1 cryoelectron microscopy structure reveals the full nuclear import complex and shows a binding mode different from suggested by previous structures. The N-terminal half of IMPORTIN-4 clamps the globular H3-H4 domain and H3 αN helix, while its C-terminal half binds the H3 N-terminal tail weakly; tail contribution to binding energy is negligible. ASF1 binds H3-H4 without contacting IMPORTIN-4. Together, ASF1 and IMPORTIN-4 shield nucleosomal H3-H4 surfaces to chaperone and import it into the nucleus where RanGTP binds IMPORTIN-4, causing large conformational changes to release H3-H4-ASF1. This work explains how full-length H3-H4 binds IMPORTIN-4 in the cytoplasm and how it is released in the nucleus. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dyo.cif.gz | 248 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dyo.ent.gz | 191 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dyo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dyo_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dyo_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dyo_validation.xml.gz | 45.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dyo_validation.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dyo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27780MC 7unkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118832.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IPO4, IMP4B, RANBP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TEX9 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24825.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Truncated yeast Ran (residues 1-179) with the Q71L mutation 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: GSP1, CNR1, CST17, YLR293C, L8003.19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32835 |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-GTP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of Importin-4 bound to RanGTP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16089 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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