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万見
- PDB-8dut: Duplex-G-quadruplex-duplex (DGD) class_1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dut
タイトルDuplex-G-quadruplex-duplex (DGD) class_1
要素(Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)) x 2
キーワードDNA / G-quadruplex / promoter / duplex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Monsen, R.C. / Chua, E.Y.D. / Hopkins, J.B. / Chaires, J.B. / Trent, J.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM077422 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structure of a 28.5 kDa duplex-embedded G-quadruplex system resolved to 7.4 Å resolution with cryo-EM.
著者: Robert C Monsen / Eugene Y D Chua / Jesse B Hopkins / Jonathan B Chaires / John O Trent /
要旨: Genomic regions with high guanine content can fold into non-B form DNA four-stranded structures known as G-quadruplexes (G4s). Extensive in vivo investigations have revealed that promoter G4s are ...Genomic regions with high guanine content can fold into non-B form DNA four-stranded structures known as G-quadruplexes (G4s). Extensive in vivo investigations have revealed that promoter G4s are transcriptional regulators. Little structural information exists for these G4s embedded within duplexes, their presumed genomic environment. Here, we report the 7.4 Å resolution structure and dynamics of a 28.5 kDa duplex-G4-duplex (DGD) model system using cryo-EM, molecular dynamics, and small-angle X-ray scattering (SAXS) studies. The DGD cryo-EM refined model features a 53° bend induced by a stacked duplex-G4 interaction at the 5' G-tetrad interface with a persistently unstacked 3' duplex. The surrogate complement poly dT loop preferably stacks onto the 3' G-tetrad interface resulting in occlusion of both 5' and 3' tetrad interfaces. Structural analysis shows that the DGD model is quantifiably more druggable than the monomeric G4 structure alone and represents a new structural drug target. Our results illustrate how the integration of cryo-EM, MD, and SAXS can reveal complementary detailed static and dynamic structural information on DNA G4 systems.
履歴
登録2022年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)
B: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4932
ポリマ－28,4932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: DNA鎖 Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)


分子量: 14086.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)


分子量: 14407.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: synthetic duplex-G-quadruplex-duplex construct mimicking a promoter G4
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
18 mMsodium phosphateNa2HPO41
2185 mMpotassium chlorideKCl1
31 mMsodium EDTA1
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was monodisperse.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: HELIUM
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.4 sec. / 電子線照射量: 68.54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 12175

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
12cryoSPARC3.3.1分類
13cryoSPARC3.3.1３次元再構成
画像処理詳細: Selected images were dose-weighted and corrected for beam-induced motion.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 666328
3次元再構成解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110105 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 557.2 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: map correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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