PDB-8dti: Cryo-EM structure of Arabidopsis SPY in complex with GDP-fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dti

タイトル

Cryo-EM structure of Arabidopsis SPY in complex with GDP-fucose

要素

Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY

キーワード

TRANSFERASE / O-fucosyltransferase / SPY

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / peptide-O-fucosyltransferase / gibberellic acid mediated signaling pathway / protein O-linked fucosylation / peptide-O-fucosyltransferase activity / protein O-GlcNAc transferase / cytokinin-activated signaling pathway / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / flower development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Kumar, S. / Zhou, Y. / Dillard, L. / Borgnia, M.J. / Bartesaghi, A. / Zhou, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the full length Arabidopsis SPY with complete TPRs
著者: Kumar, S. / Zhou, Y.

履歴

登録	2022年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dti.cif.gz	229.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dti.ent.gz	174.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dti_validation.pdf.gz	978 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dti_full_validation.pdf.gz	986.8 KB	表示
XML形式データ	8dti_validation.xml.gz	42.7 KB	表示
CIF形式データ	8dti_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dti	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	27699MC 27696C 27697C 27698C 27700C 8dtfC 8dtgC 8dthC 27701 27702 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (10) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY

B: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY

ヘテロ分子

212 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY / SPY / GDP-fucose protein O-fucosyltransferase SPINDLY 分子量: 105278.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SPY, At3g11540, F24K9.29 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96301, protein O-GlcNAc transferase, peptide-O-fucosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GFB / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / GDP-フコ-ス分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: SPY in complex with GDP-fucose / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 52.4 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
2	Latitude	画像取得
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182947 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	9687
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.501	13262
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.501	1399
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.038	1521
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1702

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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