+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dt3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of spike binding to Fab of neutralizing antibody (locally refined) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-COV2 / antibody / neutralizing / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, P.C. / Fang, Y. / Bai, X.C. / Chen, Z.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022 タイトル: An antibody that neutralizes SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 by binding to a conserved spike epitope outside the receptor binding motif. 著者: Yan Fang / Pengcheng Sun / Xuping Xie / Mingjian Du / Fenghe Du / Jianfeng Ye / Birte K Kalveram / Jessica A Plante / Kenneth S Plante / Bo Li / Xiao-Chen Bai / Pei-Yong Shi / Zhijian J Chen / 要旨: The rapid evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), such as the Omicron variants that are highly transmissible and immune evasive, underscores the need to develop ...The rapid evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), such as the Omicron variants that are highly transmissible and immune evasive, underscores the need to develop therapeutic antibodies with broad neutralizing activities. Here, we used the LIBRA-seq technology, which identified SARS-CoV-2-specific B cells via DNA barcoding and subsequently single-cell sequenced BCRs, to identify an antibody, SW186, which could neutralize major SARS-CoV-2 variants of concern, including Beta, Delta, and Omicron, as well as SARS-CoV-1. The cryo-EM structure of SW186 bound to the receptor binding domain (RBD) of the viral spike protein showed that SW186 interacted with an epitope of the RBD that is not at the interface of its binding to the ACE2 receptor but is highly conserved among SARS coronaviruses. This epitope encompasses a glycosylation site (N343) of the viral spike protein. Administration of SW186 in mice after they were infected with SARS-CoV-2 Alpha, Beta, or Delta variants reduced the viral loads in the lung. These results demonstrated that SW186 neutralizes diverse SARS coronaviruses by binding to a conserved RBD epitope, which could serve as a target for further antibody development. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dt3.cif.gz | 121.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8dt3.ent.gz | 80.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dt3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dt3_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8dt3_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dt3_validation.xml.gz | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dt3_validation.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dt3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27690MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 142402.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P0DTC2 |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 24450.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
#3: 抗体 | 分子量: 25358.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RBD-SD1 of spike in complex with Fab from a neutralizing antibody タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1462232 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45923 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|