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- PDB-8dnc: CryoEM structure of the A. aeolicus WzmWzt transporter bound to t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dnc
タイトルCryoEM structure of the A. aeolicus WzmWzt transporter bound to the native O antigen and ADP
要素
  • ABC transporter
  • Transport permease protein
キーワードTRANSLOCASE / O antigen / ABC transporter / CBD-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide transport / lipopolysaccharide transport / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
abc- transporter (atp binding component) like domain / Wzt, C-terminal / Wzt C-terminal domain / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / : / ABC-2 type transporter / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / ABC-2 type transporter ...abc- transporter (atp binding component) like domain / Wzt, C-terminal / Wzt C-terminal domain / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / : / ABC-2 type transporter / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / ABC-2 type transporter / Distorted Sandwich / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ABC transporter / Transport permease protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Spellmon, N. / Muszynski, A. / Vlach, J. / Zimmer, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for polysaccharide recognition and modulated ATP hydrolysis by the O antigen ABC transporter.
著者: Nicholas Spellmon / Artur Muszyński / Ireneusz Górniak / Jiri Vlach / David Hahn / Parastoo Azadi / Jochen Zimmer /
要旨: O antigens are ubiquitous protective extensions of lipopolysaccharides in the extracellular leaflet of the Gram-negative outer membrane. Following biosynthesis in the cytosol, the lipid-linked ...O antigens are ubiquitous protective extensions of lipopolysaccharides in the extracellular leaflet of the Gram-negative outer membrane. Following biosynthesis in the cytosol, the lipid-linked polysaccharide is transported to the periplasm by the WzmWzt ABC transporter. Often, O antigen secretion requires the chemical modification of its elongating terminus, which the transporter recognizes via a carbohydrate-binding domain (CBD). Here, using components from A. aeolicus, we identify the O antigen structure with methylated mannose or rhamnose as its cap. Crystal and cryo electron microscopy structures reveal how WzmWzt recognizes this cap between its carbohydrate and nucleotide-binding domains in a nucleotide-free state. ATP binding induces drastic conformational changes of its CBD, terminating interactions with the O antigen. ATPase assays and site directed mutagenesis reveal reduced hydrolytic activity upon O antigen binding, likely to facilitate polymer loading into the ABC transporter. Our results elucidate critical steps in the recognition and translocation of polysaccharides by ABC transporters.
履歴
登録2022年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月21日Data content type: FSC / Part number: 1 / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年9月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter
B: Transport permease protein
C: ABC transporter
D: Transport permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,5477
ポリマ－152,6254
非ポリマー9223
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter


分子量: 46284.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: abcT4, aq_1094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67181
#2: タンパク質 Transport permease protein


分子量: 30027.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: abcT3, aq_1095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67182
#3: 多糖 6-deoxy-3-O-methyl-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-rhamnopyranose-(1-2)-alpha-D-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 470.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a1122m-1a_1-5][a1122m-1b_1-5][a1122m-1a_1-5_3*OC]/1-2-3/a2-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Rhap]{[(2+1)][b-D-Rhap]{[(3+1)][a-D-Rhap3Me]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: O antigen ABC transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
30.5 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: WzmWzt nanodisc incubated with the native A. aeolicus O antigen (~1 mg/mL) and ATP for 1 hour
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 443584 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310953
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6114824
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.0951411
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431665
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031815

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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