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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dmk | ||||||
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タイトル | Cryo-EM reveals the molecular basis of laminin polymerization and LN-lamininopathies | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Laminin / Complex / Basement membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() laminin-3 complex / laminin-11 complex / laminin-2 complex / neuronal-glial interaction involved in cerebral cortex radial glia guided migration / laminin-8 complex / laminin complex / laminin-1 complex / laminin-10 complex / retinal blood vessel morphogenesis / regulation of basement membrane organization ...laminin-3 complex / laminin-11 complex / laminin-2 complex / neuronal-glial interaction involved in cerebral cortex radial glia guided migration / laminin-8 complex / laminin complex / laminin-1 complex / laminin-10 complex / retinal blood vessel morphogenesis / regulation of basement membrane organization / L1CAM interactions / basement membrane assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / hemidesmosome assembly / glycosphingolipid binding / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / tissue development / Laminin interactions / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / endoderm development / branching involved in salivary gland morphogenesis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / camera-type eye development / blood vessel morphogenesis / odontogenesis / MET activates PTK2 signaling / extracellular matrix structural constituent / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of muscle cell differentiation / endodermal cell differentiation / regulation of embryonic development / positive regulation of cell adhesion / Non-integrin membrane-ECM interactions / basement membrane / ECM proteoglycans / extracellular matrix disassembly / regulation of cell migration / Degradation of the extracellular matrix / substrate adhesion-dependent cell spreading / extracellular matrix / positive regulation of epithelial cell proliferation / animal organ morphogenesis / Post-translational protein phosphorylation / axon guidance / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / cell-cell junction / cell migration / retina development in camera-type eye / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / protein phosphorylation / signaling receptor binding / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Kulczyk, A.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals the molecular basis oflaminin polymerization and LN-lamininopathies. 著者: Arkadiusz W Kulczyk / Karen K McKee / Ximo Zhang / Iwona Bizukojc / Ying Q Yu / Peter D Yurchenco / ![]() 要旨: Laminin polymerization is the major step in basement membranes assembly. Its failures cause laminin N-terminal domain lamininopathies including Pierson syndrome. We have employed cryo-electron ...Laminin polymerization is the major step in basement membranes assembly. Its failures cause laminin N-terminal domain lamininopathies including Pierson syndrome. We have employed cryo-electron microscopy to determine a 3.7 Å structure of the trimeric laminin polymer node containing α1, β1 and γ1 subunits. The structure reveals the molecular basis of calcium-dependent formation of laminin lattice, and provides insights into polymerization defects manifesting in human disease. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27542MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34709.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 35091.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 34110.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
#4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 化合物 | ChemComp-CA / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Lamimin polymer node / タイプ: COMPLEX 詳細: A trimeric complex of the N-terminal fragments (LN, LE1, LE2 domains) from laminin alpha 1, laminin beta 1 and laminin gamma 1. Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.172 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125011 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |