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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dhb | |||||||||||||||
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タイトル | Active FLCN GAP complex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / FLCN / Rag-Ragulator / GTPase Activating Protein / mTORC1 signaling | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cell proliferation involved in kidney development / cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of post-translational protein modification / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP ...negative regulation of cell proliferation involved in kidney development / cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of post-translational protein modification / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / negative regulation of brown fat cell differentiation / regulation of Ras protein signal transduction / protein localization to cell junction / regulation of TORC1 signaling / regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of lysosome organization / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / TORC1 signaling / endosome organization / fibroblast migration / lysosome localization / Amino acids regulate mTORC1 / ATPase inhibitor activity / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / protein localization to membrane / kinase activator activity / negative regulation of TOR signaling / enzyme inhibitor activity / negative regulation of glycolytic process / cell-cell junction assembly / enzyme-substrate adaptor activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of Rho protein signal transduction / azurophil granule membrane / endosomal transport / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of cell size / lysosome organization / Macroautophagy / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / hemopoiesis / glutathione transferase / CDC42 GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOH GTPase cycle / centriolar satellite / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / glutathione transferase activity / RHOG GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / regulation of receptor recycling / response to amino acid / RAC2 GTPase cycle / TOR signaling / RAC3 GTPase cycle / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / protein-membrane adaptor activity / energy homeostasis / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / glutathione metabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to starvation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / negative regulation of autophagy / viral genome replication / RNA splicing / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / : / epithelial cell proliferation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cholesterol homeostasis / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of cell growth / cellular response to amino acid stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of protein phosphorylation / MAP2K and MAPK activation / response to virus / cilium / mitotic spindle / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein localization to nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jansen, R.M. / Hurley, J.H. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, イタリア, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural basis for FLCN RagC GAP activation in MiT-TFE substrate-selective mTORC1 regulation. 著者: Rachel M Jansen / Roberta Peruzzo / Simon A Fromm / Adam L Yokom / Roberto Zoncu / James H Hurley / 要旨: The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) regulates cell growth and catabolism in response to nutrients through phosphorylation of key substrates. The tumor suppressor folliculin (FLCN) ...The mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) regulates cell growth and catabolism in response to nutrients through phosphorylation of key substrates. The tumor suppressor folliculin (FLCN) is a RagC/D guanosine triphosphatase (GTPase)-activating protein (GAP) that regulates mTORC1 phosphorylation of MiT-TFE transcription factors, controlling lysosome biogenesis and autophagy. We determined the cryo-electron microscopy structure of the active FLCN complex (AFC) containing FLCN, FNIP2, the N-terminal tail of SLC38A9, the RagA:RagC GTPase dimer, and the Ragulator scaffold. Relative to the inactive lysosomal FLCN complex structure, FLCN reorients by 90°, breaks contact with RagA, and makes previously unseen contacts with RagC that position its Arg finger for catalysis. Disruption of the AFC-specific interfaces of FLCN and FNIP2 with RagC eliminated GAP activity and led to nuclear retention of TFE3, with no effect on mTORC1 substrates S6K or 4E-BP1. The structure provides a basis for regulation of an mTORC1 substrate-specific pathway and a roadmap to discover MiT-TFE family selective mTORC1 antagonists. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dhb.cif.gz | 393.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dhb.ent.gz | 288.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dhb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dhb_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dhb_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dhb_validation.xml.gz | 73.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dhb_validation.cif.gz | 108.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dhb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27435MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Ras-related GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44384.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9HB90, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39362.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q7L523 |
-Ragulator complex protein ... , 5種, 5分子 CDEFG
#3: タンパク質 | 分子量: 18325.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6IAA8 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 13645.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y2Q5 |
#5: タンパク質 | 分子量: 13637.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UHA4 |
#6: タンパク質 | 分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0VGL1 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18178.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, hCG_40252 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0C4DGV4 |
-タンパク質 , 3種, 3分子 HIJ
#8: タンパク質 | 分子量: 41000.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC38A9, URLC11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P08515, UniProt: Q8NBW4, glutathione transferase |
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#9: タンパク質 | 分子量: 149865.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FNIP2, FNIPL, KIAA1450, MAPO1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P278 |
#10: タンパク質 | 分子量: 69143.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLCN, BHD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NFG4 |
-非ポリマー , 3種, 3分子
#11: 化合物 | ChemComp-CZC / [( |
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#12: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#13: 化合物 | ChemComp-GDP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177018 / 対称性のタイプ: POINT |