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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dg8 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of HPIV3 prefusion F trimer in complex with 3x1 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Cross-neutralizing / HPIV1 / HPIV3 / mAb | ||||||
生物種 | Human parainfluenza 3 virus (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | ||||||
データ登録者 | Rodarte, J.V. / Pancera, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cross-protective antibodies against common endemic respiratory viruses. 著者: Madelyn Cabán / Justas V Rodarte / Madeleine Bibby / Matthew D Gray / Justin J Taylor / Marie Pancera / Jim Boonyaratanakornkit / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (HMPV), and human parainfluenza virus types one (HPIV1) and three (HPIV3) can cause severe disease and death in immunocompromised patients, ...Respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (HMPV), and human parainfluenza virus types one (HPIV1) and three (HPIV3) can cause severe disease and death in immunocompromised patients, the elderly, and those with underlying lung disease. A protective monoclonal antibody exists for RSV, but clinical use is limited to high-risk infant populations. Hence, therapeutic options for these viruses in vulnerable patient populations are currently limited. Here, we present the discovery, in vitro characterization, and in vivo efficacy testing of two cross-neutralizing monoclonal antibodies, one targeting both HPIV3 and HPIV1 and the other targeting both RSV and HMPV. The 3 × 1 antibody is capable of targeting multiple parainfluenza viruses; the MxR antibody shares features with other previously reported monoclonal antibodies that are capable of neutralizing both RSV and HMPV. We obtained structures using cryo-electron microscopy of these antibodies in complex with their antigens at 3.62 Å resolution for 3 × 1 bound to HPIV3 and at 2.24 Å for MxR bound to RSV, providing a structural basis for in vitro binding and neutralization. Together, a cocktail of 3 × 1 and MxR could have clinical utility in providing broad protection against four of the respiratory viruses that cause significant morbidity and mortality in at-risk individuals. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dg8.cif.gz | 260.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dg8.ent.gz | 214 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dg8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dg8_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dg8_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dg8_validation.xml.gz | 61.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dg8_validation.cif.gz | 88.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dg8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54970.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human parainfluenza 3 virus (strain NIH 47885) (インフルエンザウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | | 分子量: 13932.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | | 分子量: 11642.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of one 3x1 Fab bound to the HPIV3 preF trimer タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.339 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.19 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 詳細: Collected at 30 degree tilt |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1036244 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |