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万見
- PDB-8dan: CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dan
タイトルCryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the avian MXRA8 receptor
要素
  • E1 envelope glycoprotein
  • E2 envelope glycoprotein
  • Matrix remodeling-associated protein 8
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / WEEV / MXRA8 / Receptor / Alphavirus / Avian / VLP / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Matrix remodeling-associated protein 8 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein ...Matrix remodeling-associated protein 8 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix remodeling-associated protein 8 / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
Asarcornis scutulata (カモ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.74 Å
データ登録者Zimmerman, M.I. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Alternate domain repeat usage in an alphavirus entry receptor enables host species expansion
著者: Zimmerman, O. / Zimmerman, M.I. / Nelson, C.A. / Raju, S. / Errico, J.M. / Madden, E.A. / Hassan, A.O. / VanBlargan, L.A. / Kim, A.S. / Adams, L.J. / Basore, K. / Whitener, B.M. / Earnest, J. ...著者: Zimmerman, O. / Zimmerman, M.I. / Nelson, C.A. / Raju, S. / Errico, J.M. / Madden, E.A. / Hassan, A.O. / VanBlargan, L.A. / Kim, A.S. / Adams, L.J. / Basore, K. / Whitener, B.M. / Earnest, J.T. / Holmes, A.C. / Ebel, G.D. / Zmasek, C. / Scheuermann, R.H. / Fremont, D.H. / Diamond, M.S.
履歴
登録2022年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1 envelope glycoprotein
B: E2 envelope glycoprotein
C: Matrix remodeling-associated protein 8
D: E1 envelope glycoprotein
E: E2 envelope glycoprotein
F: Matrix remodeling-associated protein 8
G: E1 envelope glycoprotein
H: E2 envelope glycoprotein
I: Matrix remodeling-associated protein 8
J: E1 envelope glycoprotein
K: E2 envelope glycoprotein
L: Matrix remodeling-associated protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)498,55724
ポリマ－495,90212
非ポリマー2,65412
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
E1 envelope glycoprotein / p130 / Structural polyprotein


分子量: 47188.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1W679
#2: タンパク質
E2 envelope glycoprotein / p130 / Structural polyprotein


分子量: 46171.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1W679
#3: タンパク質
Matrix remodeling-associated protein 8


分子量: 30615.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Asarcornis scutulata (カモ) / 遺伝子: Mxra8, ASASCU_R01628 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7K7KW08
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Western equine encephalitis virus VLP in complex with avian MXRA8 receptor
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 495 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1.03 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250347 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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