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万見
- PDB-8sqn: CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sqn
タイトルCryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the chimeric Du-D1-Mo-D2 MXRA8 receptor
要素
  • DuD1MoD2 chimeric MXRA8
  • E1 envelope glycoprotein
  • E2 envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / WEEV / MXRA8 / Receptor / Alphavirus / Avian / VLP / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Anas platyrhynchos (アヒル)
Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Zimmerman, M.I. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Vertebrate-class-specific binding modes of the alphavirus receptor MXRA8.
著者: Ofer Zimmerman / Maxwell I Zimmerman / Saravanan Raju / Christopher A Nelson / John M Errico / Emily A Madden / Autumn C Holmes / Ahmed O Hassan / Laura A VanBlargan / Arthur S Kim / Lucas J ...著者: Ofer Zimmerman / Maxwell I Zimmerman / Saravanan Raju / Christopher A Nelson / John M Errico / Emily A Madden / Autumn C Holmes / Ahmed O Hassan / Laura A VanBlargan / Arthur S Kim / Lucas J Adams / Katherine Basore / Bradley M Whitener / Sathvik Palakurty / Hannah G Davis-Adams / Chengqun Sun / Theron Gilliland / James T Earnest / Hongming Ma / Gregory D Ebel / Christian Zmasek / Richard H Scheuermann / William B Klimstra / Daved H Fremont / Michael S Diamond /
要旨: MXRA8 is a receptor for chikungunya (CHIKV) and other arthritogenic alphaviruses with mammalian hosts. However, mammalian MXRA8 does not bind to alphaviruses that infect humans and have avian ...MXRA8 is a receptor for chikungunya (CHIKV) and other arthritogenic alphaviruses with mammalian hosts. However, mammalian MXRA8 does not bind to alphaviruses that infect humans and have avian reservoirs. Here, we show that avian, but not mammalian, MXRA8 can act as a receptor for Sindbis, western equine encephalitis (WEEV), and related alphaviruses with avian reservoirs. Structural analysis of duck MXRA8 complexed with WEEV reveals an inverted binding mode compared with mammalian MXRA8 bound to CHIKV. Whereas both domains of mammalian MXRA8 bind CHIKV E1 and E2, only domain 1 of avian MXRA8 engages WEEV E1, and no appreciable contacts are made with WEEV E2. Using these results, we generated a chimeric avian-mammalian MXRA8 decoy-receptor that neutralizes infection of multiple alphaviruses from distinct antigenic groups in vitro and in vivo. Thus, different alphaviruses can bind MXRA8 encoded by different vertebrate classes with distinct engagement modes, which enables development of broad-spectrum inhibitors.
履歴
登録2023年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年12月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DuD1MoD2 chimeric MXRA8
B: E1 envelope glycoprotein
D: E2 envelope glycoprotein
F: E1 envelope glycoprotein
H: E2 envelope glycoprotein
J: E1 envelope glycoprotein
L: E2 envelope glycoprotein
N: E1 envelope glycoprotein
P: E2 envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,97118
ポリマ－403,9809
非ポリマー1,9919
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 DuD1MoD2 chimeric MXRA8


分子量: 30539.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anas platyrhynchos (アヒル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質
E1 envelope glycoprotein / p130 / Structural polyprotein


分子量: 47188.562 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 798-1235 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1W679
#3: タンパク質
E2 envelope glycoprotein / p130 / Structural polyprotein


分子量: 46171.617 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 321-735 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1W679
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Western equine encephalitis virus VLP in complex with a chimeric MXRA8 receptor (Avian D1 with Mammalian D2)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 7.45 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 46.45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC4.01３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 431316 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00329244
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57639858
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8224043
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0454530
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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