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万見
- PDB-8d8k: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d8k
タイトルYeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)
要素
  • (37S ribosomal protein ...) x 27
  • (Mitochondrial ...) x 2
  • 15S ribosomal RNA
  • MRPS12 isoform 1
  • Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial
  • Protein FYV4, mitochondrial
  • Ribosomal protein VAR1, mitochondrial
  • unknown protein sequence
キーワードRIBOSOME / Ribonucleoprotein complex / Mitochondria Biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial translational initiation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / RNA splicing / methyltransferase activity / mRNA processing ...mitochondrial translational initiation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / RNA splicing / methyltransferase activity / mRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / methylation / cytosolic small ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S22, mitochondrial, budding yeast / Ribosomal protein VAR1 / : / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 ...Ribosomal protein S22, mitochondrial, budding yeast / Ribosomal protein VAR1 / : / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Ribosomal protein Rsm22-like / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / PPR repeat family / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S7 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / MRPS12 isoform 1 / Mitochondrial 15S rRNA processing factor CCM1 / Small ribosomal subunit protein mS37 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / MRPS12 isoform 1 / Mitochondrial 15S rRNA processing factor CCM1 / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Ribosome assembly protein RSM22, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein mS42 / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein uS19m / Small ribosomal subunit protein uS13m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS8m / Small ribosomal subunit protein mS35
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Burnside, C. / Harper, N.J. / Klinge, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other private
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM136640-02 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Principles of mitoribosomal small subunit assembly in eukaryotes.
著者: Nathan J Harper / Chloe Burnside / Sebastian Klinge /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize proteins encoded within the mitochondrial genome that are assembled into oxidative phosphorylation complexes. Thus, mitoribosome biogenesis is ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize proteins encoded within the mitochondrial genome that are assembled into oxidative phosphorylation complexes. Thus, mitoribosome biogenesis is essential for ATP production and cellular metabolism. Here we used cryo-electron microscopy to determine nine structures of native yeast and human mitoribosomal small subunit assembly intermediates, illuminating the mechanistic basis for how GTPases are used to control early steps of decoding centre formation, how initial rRNA folding and processing events are mediated, and how mitoribosomal proteins have active roles during assembly. Furthermore, this series of intermediates from two species with divergent mitoribosomal architecture uncovers both conserved principles and species-specific adaptations that govern the maturation of mitoribosomal small subunits in eukaryotes. By revealing the dynamic interplay between assembly factors, mitoribosomal proteins and rRNA that are required to generate functional subunits, our structural analysis provides a vignette for how molecular complexity and diversity can evolve in large ribonucleoprotein assemblies.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
0: Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial
5: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial
C: Ribosomal protein VAR1, mitochondrial
d: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1
M: 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial
N: 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial
O: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial
P: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial
Q: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial
R: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial
S: 37S ribosomal protein S19, mitochondrial
T: 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial
U: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
V: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial
W: 37S ribosomal protein S23, mitochondrial
X: Mitochondrial 37S ribosomal protein S27
Y: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial
Z: 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial
A: 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial
B: 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial
2: Protein FYV4, mitochondrial
3: 37S ribosomal protein S26, mitochondrial
D: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial
4: 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial
E: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial
F: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial
6: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial
G: 37S ribosomal protein S7, mitochondrial
H: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial
I: 37S ribosomal protein S9, mitochondrial
a: 15S ribosomal RNA
J: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial
K: 37S ribosomal protein S18, mitochondrial
c: unknown protein sequence
L: MRPS12 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,603,326109
ポリマ－1,600,71735
非ポリマー2,60974
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 5分子 0C2cL

#1: タンパク質 Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial


分子量: 72308.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P36056, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: タンパク質 Ribosomal protein VAR1, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS3m


分子量: 47170.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02381
#21: タンパク質 Protein FYV4, mitochondrial / Function required for yeast viability protein 4 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS41


分子量: 15321.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38783
#34: タンパク質 unknown protein sequence


分子量: 8017.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#35: タンパク質 MRPS12 isoform 1


分子量: 16948.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q5F6

+
37S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 5MNOPQRSTUVWYZAB3D4EF6GHIJK

#2: タンパク質 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS44 / YmS-A


分子量: 39045.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12686
#5: タンパク質 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS13m / Sick without securin protein 2


分子量: 16121.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53937
#6: タンパク質 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS14m


分子量: 13563.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10663
#7: タンパク質 37S ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS15m


分子量: 33116.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21771
#8: タンパク質 37S ribosomal protein S16, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS16m


分子量: 13663.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02608
#9: タンパク質 37S ribosomal protein S17, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS17m


分子量: 27683.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03246
#10: タンパク質 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18m


分子量: 15866.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40033
#11: タンパク質 37S ribosomal protein S19, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS19m


分子量: 10292.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53733
#12: タンパク質 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS21m


分子量: 20432.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38175
#13: タンパク質 37S ribosomal protein S25, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS23


分子量: 30554.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40496
#14: タンパク質 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS26


分子量: 36059.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17558
#15: タンパク質 37S ribosomal protein S23, mitochondrial / DAP-3 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 50940.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01163
#17: タンパク質 37S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal small subunit protein 24 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS35


分子量: 37458.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03976
#18: タンパク質 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS37 / YmS-T


分子量: 10709.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O75012
#19: タンパク質 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS1m


分子量: 39507.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02950
#20: タンパク質 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS2m


分子量: 44205.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32902
#22: タンパク質 37S ribosomal protein S26, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS42


分子量: 30257.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47141
#23: タンパク質 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS4m / Nuclear accommodation of mitochondria protein 9


分子量: 56450.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27929
#24: タンパク質 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS43


分子量: 36775.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10662
#25: タンパク質 37S ribosomal protein S5, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS5m


分子量: 34941.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33759
#26: タンパク質 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS6m / YmS16


分子量: 15046.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P28778
#27: タンパク質 37S ribosomal protein S35, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS45


分子量: 39638.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53292
#28: タンパク質 37S ribosomal protein S7, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS7m


分子量: 27857.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47150
#29: タンパク質 37S ribosomal protein S8, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS8m


分子量: 17496.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03799
#30: タンパク質 37S ribosomal protein S9, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS9m


分子量: 31980.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38120
#32: タンパク質 37S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS10m


分子量: 23458.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03201
#33: タンパク質 37S ribosomal protein S18, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS11m / YmS18


分子量: 24603.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P42847

-
Mitochondrial ... , 2種, 2分子 dX

#4: タンパク質 Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1


分子量: 101568.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4FBQ6
#16: タンパク質 Mitochondrial 37S ribosomal protein S27 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS33


分子量: 12420.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53305

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 a

#31: RNA鎖 15S ribosomal RNA


分子量: 549234.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1887067169

-
非ポリマー , 4種, 77分子

#36: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#39: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 2)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.22 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 61.73 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Coot0.9.5モデルフィッティング
10RELION3.1.1初期オイラー角割当
11RELION3.1.1最終オイラー角割当
13PHENIX1.19３次元再構成
14PHENIX1.19モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3286640
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54519 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5MRC

5mrc

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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