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万見
- PDB-8d8j: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d8j
タイトルYeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 1)
要素
  • (37S ribosomal protein ...) x 11
  • 15S ribosomal RNA
  • Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1
  • Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial
  • Protein FYV4, mitochondrial
  • uS12m
キーワードRIBOSOME / Ribonucleoprotein complex Mitochondria Biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial small ribosomal subunit / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation / RNA splicing / methyltransferase activity / mRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / methylation ...mitochondrial small ribosomal subunit / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation / RNA splicing / methyltransferase activity / mRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / methylation / cytosolic small ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S22, mitochondrial, budding yeast / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Ribosomal protein Rsm22-like / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / PPR repeat family ...Ribosomal protein S22, mitochondrial, budding yeast / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Ribosomal protein Rsm22-like / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / PPR repeat family / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S12 signature. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / MRPS12 isoform 1 / Mitochondrial 15S rRNA processing factor CCM1 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 ...IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / MRPS12 isoform 1 / Mitochondrial 15S rRNA processing factor CCM1 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Ribosome assembly protein RSM22, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS8m
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Burnside, C. / Harper, N. / Klinge, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other private
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM136640-02 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Principles of mitoribosomal small subunit assembly in eukaryotes.
著者: Nathan J Harper / Chloe Burnside / Sebastian Klinge /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize proteins encoded within the mitochondrial genome that are assembled into oxidative phosphorylation complexes. Thus, mitoribosome biogenesis is ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize proteins encoded within the mitochondrial genome that are assembled into oxidative phosphorylation complexes. Thus, mitoribosome biogenesis is essential for ATP production and cellular metabolism. Here we used cryo-electron microscopy to determine nine structures of native yeast and human mitoribosomal small subunit assembly intermediates, illuminating the mechanistic basis for how GTPases are used to control early steps of decoding centre formation, how initial rRNA folding and processing events are mediated, and how mitoribosomal proteins have active roles during assembly. Furthermore, this series of intermediates from two species with divergent mitoribosomal architecture uncovers both conserved principles and species-specific adaptations that govern the maturation of mitoribosomal small subunits in eukaryotes. By revealing the dynamic interplay between assembly factors, mitoribosomal proteins and rRNA that are required to generate functional subunits, our structural analysis provides a vignette for how molecular complexity and diversity can evolve in large ribonucleoprotein assemblies.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial
5: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial
d: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1
O: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial
P: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial
Q: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial
R: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial
V: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial
2: Protein FYV4, mitochondrial
D: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial
E: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial
F: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial
6: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial
H: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial
a: 15S ribosomal RNA
L: uS12m
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,085,44646
ポリマ－1,084,38916
非ポリマー1,05630
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 0d2L

#1: タンパク質 Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial


分子量: 72308.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P36056, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: タンパク質 Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1


分子量: 101568.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4FBQ6
#9: タンパク質 Protein FYV4, mitochondrial / Function required for yeast viability protein 4 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS41


分子量: 15321.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38783
#16: タンパク質 uS12m


分子量: 16948.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q5F6

-
37S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 5OPQRVDEF6H

#2: タンパク質 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS44 / YmS-A


分子量: 39045.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P12686
#4: タンパク質 37S ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS15m


分子量: 33116.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21771
#5: タンパク質 37S ribosomal protein S16, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS16m


分子量: 13663.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02608
#6: タンパク質 37S ribosomal protein S17, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS17m


分子量: 27683.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03246
#7: タンパク質 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18m


分子量: 15866.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40033
#8: タンパク質 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS26


分子量: 36059.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17558
#10: タンパク質 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS4m / Nuclear accommodation of mitochondria protein 9


分子量: 56450.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P27929
#11: タンパク質 37S ribosomal protein S5, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS5m


分子量: 34941.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33759
#12: タンパク質 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS6m / YmS16


分子量: 15046.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28778
#13: タンパク質 37S ribosomal protein S35, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS45


分子量: 39638.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53292
#14: タンパク質 37S ribosomal protein S8, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS8m


分子量: 17496.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03799

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RNA鎖 , 1種, 1分子 a

#15: RNA鎖 15S ribosomal RNA


分子量: 549234.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1887067169

-
非ポリマー , 2種, 30分子

#17: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 3)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.26 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 61.73 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14111

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.75粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Coot0.9.5モデルフィッティング
10PHENIX1.19モデル精密化
11RELION3.1.1初期オイラー角割当
12RELION3.1.1最終オイラー角割当
13RELION3.1.1分類
14PHENIX1.19３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3286640
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19720 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5MRC

5mrc


Accession code: 5MRC / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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