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万見
- PDB-8d85: Cryo-EM structure of human IL-27 signaling complex: model contain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d85
タイトルCryo-EM structure of human IL-27 signaling complex: model containing the interaction core region
要素
  • (Interleukin-27 subunit ...) x 2
  • Interleukin-27 receptor subunit alpha
  • Interleukin-6 receptor subunit beta
キーワードCYTOKINE / cytokine signaling / IL-27 / IL-27R alpha / gp130 / EBI3 / p28
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / oncostatin-M-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor activity / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / negative regulation of type 2 immune response ...interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / oncostatin-M-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor activity / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / negative regulation of type 2 immune response / oncostatin-M receptor complex / regulation of isotype switching to IgG isotypes / ciliary neurotrophic factor receptor binding / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of platelet aggregation / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / regulation of T cell proliferation / positive regulation of Notch signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cytokine binding / MAPK3 (ERK1) activation / growth factor binding / MAPK1 (ERK2) activation / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of defense response to virus by host / response to cytokine / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of type II interferon production / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-27 alpha / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core ...Interleukin-27 alpha / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-6 receptor subunit beta / Interleukin-27 subunit beta / Interleukin-27 receptor subunit alpha / Interleukin-27 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Zhou, Y. / Franklin, M.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly of gp130 family cytokine signaling complexes.
著者: Yi Zhou / Panayiotis E Stevis / Jing Cao / Kei Saotome / Jiaxi Wu / Arielle Glatman Zaretsky / Sokol Haxhinasto / George D Yancopoulos / Andrew J Murphy / Mark W Sleeman / William C Olson / Matthew C Franklin /
要旨: The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. ...The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. We determined cryo-electron microscopy structures of five signaling complexes of this family, containing full receptor ectodomains bound to their respective ligands ciliary neurotrophic factor, cardiotrophin-like cytokine factor 1 (CLCF1), leukemia inhibitory factor, IL-27, and IL-6. Our structures collectively reveal similarities and differences in the assembly of these complexes. The acute bends at both signaling receptors in all complexes bring the membrane-proximal domains to a ~30 angstrom range but with distinct distances and orientations. We also reveal how CLCF1 engages its secretion chaperone cytokine receptor-like factor 1. Our data provide valuable insights for therapeutically targeting gp130-mediated signaling.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Interleukin-27 subunit beta
D: Interleukin-27 subunit alpha
A: Interleukin-27 receptor subunit alpha
B: Interleukin-6 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,77312
ポリマ－178,3944
非ポリマー2,3798
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Interleukin-27 subunit ... , 2種, 2分子 CD

#1: タンパク質 Interleukin-27 subunit beta / IL-27 subunit beta / IL-27B / Epstein-Barr virus-induced gene 3 protein / EBV-induced gene 3 protein


分子量: 23338.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EBI3, IL27B
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q14213
#2: タンパク質 Interleukin-27 subunit alpha / IL-27 subunit alpha / IL-27-A / IL27-A / Interleukin-30 / p28


分子量: 27877.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL27, IL27A, IL30
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q8NEV9

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Interleukin-27 receptor subunit alpha / IL-27 receptor subunit alpha / IL-27R subunit alpha / IL-27R-alpha / IL-27RA / Cytokine receptor ...IL-27 receptor subunit alpha / IL-27R subunit alpha / IL-27R-alpha / IL-27RA / Cytokine receptor WSX-1 / Cytokine receptor-like 1 / Type I T-cell cytokine receptor / TCCR / ZcytoR1


分子量: 55944.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL27RA, CRL1, TCCR, WSX1, UNQ296/PRO336
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q6UWB1
#4: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit beta / IL-6 receptor subunit beta / IL-6R subunit beta / IL-6R-beta / IL-6RB / CDw130 / Interleukin-6 ...IL-6 receptor subunit beta / IL-6R subunit beta / IL-6R-beta / IL-6RB / CDw130 / Interleukin-6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / gp130 / Oncostatin-M receptor subunit alpha


分子量: 71233.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6ST
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P40189

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糖 , 2種, 8分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human IL-27 in complex with IL-27R alpha and gp130 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139752 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027297
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4639952
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.8991004
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391129
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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