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- PDB-8d7h: Cryo-EM structure of human CLCF1 in complex with CRLF1 and CNTFR alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8d7h
タイトルCryo-EM structure of human CLCF1 in complex with CRLF1 and CNTFR alpha
要素
  • Cardiotrophin-like cytokine factor 1
  • Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha
  • Cytokine receptor-like factor 1
キーワードCYTOKINE / cytokine signaling / CLCF1 / CNTFR alpha / CRLF1
機能・相同性
機能・相同性情報


CRLF-CLCF1 complex / CNTFR-CLCF1 complex / skeletal muscle organ development / ciliary neurotrophic factor receptor activity / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / brainstem development / sex differentiation ...CRLF-CLCF1 complex / CNTFR-CLCF1 complex / skeletal muscle organ development / ciliary neurotrophic factor receptor activity / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / brainstem development / sex differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / motor neuron apoptotic process / cytokine receptor activity / ureteric bud development / positive regulation of immunoglobulin production / extrinsic component of membrane / suckling behavior / cytokine binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / nervous system development / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Plethodontid receptivity factor PRF/cardiotrophin-like / Plethodontid receptivity factor PRF / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 ...Plethodontid receptivity factor PRF/cardiotrophin-like / Plethodontid receptivity factor PRF / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor-like factor 1 / Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha / Cardiotrophin-like cytokine factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhou, Y. / Franklin, M.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly of gp130 family cytokine signaling complexes.
著者: Yi Zhou / Panayiotis E Stevis / Jing Cao / Kei Saotome / Jiaxi Wu / Arielle Glatman Zaretsky / Sokol Haxhinasto / George D Yancopoulos / Andrew J Murphy / Mark W Sleeman / William C Olson / Matthew C Franklin /
要旨: The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. ...The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. We determined cryo-electron microscopy structures of five signaling complexes of this family, containing full receptor ectodomains bound to their respective ligands ciliary neurotrophic factor, cardiotrophin-like cytokine factor 1 (CLCF1), leukemia inhibitory factor, IL-27, and IL-6. Our structures collectively reveal similarities and differences in the assembly of these complexes. The acute bends at both signaling receptors in all complexes bring the membrane-proximal domains to a ~30 angstrom range but with distinct distances and orientations. We also reveal how CLCF1 engages its secretion chaperone cytokine receptor-like factor 1. Our data provide valuable insights for therapeutically targeting gp130-mediated signaling.
履歴
登録2022年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha
D: Cardiotrophin-like cytokine factor 1
A: Cytokine receptor-like factor 1
G: Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha
H: Cardiotrophin-like cytokine factor 1
E: Cytokine receptor-like factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,46624
ポリマ－212,6406
非ポリマー6,82618
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha / CNTF receptor subunit alpha / CNTFR-alpha


分子量: 39170.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNTFR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P26992
#2: タンパク質 Cardiotrophin-like cytokine factor 1 / B-cell-stimulating factor 3 / BSF-3 / Novel neurotrophin-1 / NNT-1


分子量: 23122.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLCF1, BSF3, CLC, NNT1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9UBD9
#3: タンパク質 Cytokine receptor-like factor 1 / Cytokine-like factor 1 / CLF-1 / ZcytoR5


分子量: 44026.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRLF1, UNQ288/PRO327 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O75462
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human CLCF1 in complex with in complex with CRLF1 and CNTFR alpha
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117773 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212918
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.43517668
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.5771858
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392022
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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