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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d6w | ||||||
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タイトル | Structure of the Mycobacterium tuberculosis 20S proteasome bound to the C-terminal GQYL motif of the ADP-bound Mpa ATPase | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Mpa / proteasome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / proteasome complex / modification-dependent protein catabolic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Xiao, X. / Li, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: mSphere / 年: 2022 タイトル: The β-Grasp Domain of Proteasomal ATPase Mpa Makes Critical Contacts with the Mycobacterium tuberculosis 20S Core Particle to Facilitate Degradation. 著者: Xiansha Xiao / Xiang Feng / Jin Hee Yoo / Amanda Kovach / K Heran Darwin / Huilin Li / 要旨: Mycobacterium tuberculosis possesses a Pup-proteasome system analogous to the eukaryotic ubiquitin-proteasome pathway. We have previously shown that the hexameric mycobacterial proteasome ATPase (Mpa) ...Mycobacterium tuberculosis possesses a Pup-proteasome system analogous to the eukaryotic ubiquitin-proteasome pathway. We have previously shown that the hexameric mycobacterial proteasome ATPase (Mpa) recruits pupylated protein substrates via interactions between amino-terminal coiled-coils in Mpa monomers and the degradation tag Pup. However, it is unclear how Mpa rings interact with a proteasome due to the presence of a carboxyl-terminal β-grasp domain unique to Mpa homologues that makes the interaction highly unstable. Here, we describe newly identified critical interactions between Mpa and 20S core proteasomes. Interestingly, the Mpa C-terminal GQYL motif binds the 20S core particle activation pocket differently than the same motif of the ATP-independent proteasome accessory factor PafE. We further found that the β-hairpin of the Mpa β-grasp domain interacts variably with the H0 helix on top of the 20S core particle via a series of ionic and hydrogen-bond interactions. Individually mutating several involved residues reduced Mpa-mediated protein degradation both and . The Pup-proteasome system in Mycobacterium tuberculosis is critical for this species to cause lethal infections in mice. Investigating the molecular mechanism of how the Mpa ATPase recruits and unfolds pupylated substrates to the 20S proteasomal core particle for degradation will be essential to fully understand how degradation is regulated, and the structural information we report may be useful for the development of new tuberculosis chemotherapies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d6w.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d6w.ent.gz | 920.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8d6w_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8d6w_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8d6w_validation.xml.gz | 152.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8d6w_validation.cif.gz | 232.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/8d6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/8d6w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26911.039 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: prcA, MRA_2124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U4D5, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 30332.006 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: prcB, E5M05_20980, E5M23_20030, E5M52_20895, E5M78_20920, ERS007665_00482, ERS007670_00434, ERS007679_01035, ERS007683_02087, ERS007720_00612, ERS007722_01880, ERS007741_02624, ERS024276_ ...遺伝子: prcB, E5M05_20980, E5M23_20030, E5M52_20895, E5M78_20920, ERS007665_00482, ERS007670_00434, ERS007679_01035, ERS007683_02087, ERS007720_00612, ERS007722_01880, ERS007741_02624, ERS024276_00650, SAMEA2683035_00452 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A045HFG5, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 479.527 Da / 分子数: 7 / Fragment: C-terminal Gly-Gln-Tyr-Leu (GQYL) motif / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mpa, BCG_2132c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1KKF8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: binary complex of 20S proteasome with ATPase Mpa / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 1.32 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 508000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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