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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d44 | ||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of human kidney Fructose-bisphosphate aldolase B | ||||||
![]() | Fructose-bisphosphate aldolase B | ||||||
![]() | HYDROLASE / fructose-bisphosphate aldolase B / ALDOB | ||||||
機能・相同性 | ![]() fructose-1-phosphate aldolase activity / Hereditary fructose intolerance / fructose catabolic process to hydroxyacetone phosphate and glyceraldehyde-3-phosphate / fructose binding / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / Fructose catabolism / NADH oxidation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / Gluconeogenesis ...fructose-1-phosphate aldolase activity / Hereditary fructose intolerance / fructose catabolic process to hydroxyacetone phosphate and glyceraldehyde-3-phosphate / fructose binding / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / Fructose catabolism / NADH oxidation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / Gluconeogenesis / positive regulation of ATP-dependent activity / fructose metabolic process / negative regulation of pentose-phosphate shunt / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / microtubule organizing center / centriolar satellite / cytoskeletal protein binding / gluconeogenesis / glycolytic process / ATPase binding / molecular adaptor activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
![]() | Lyu, M. / Yu, E.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-electron microscopy structure of human kidney Fructose-bisphosphate aldolase B 著者: Lyu, M. / Yu, E.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 256 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27174MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39519.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Fructose-bisphosphate aldolase B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.5 K / 詳細: blot 15 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 39 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126024 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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