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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d2q | |||||||||
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タイトル | Structure of Acidothermus cellulolyticus Cas9 ternary complex (Post-cleavage 1) | |||||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Cas9 / AceCas9 / Crispr / Post-Cleavage 1 / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity / defense response to virus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å | |||||||||
![]() | Rai, J. / Das, A. / Li, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Coupled catalytic states and the role of metal coordination in Cas9. 著者: Anuska Das / Jay Rai / Mitchell O Roth / Yuerong Shu / Megan L Medina / Mackenzie R Barakat / Hong Li / ![]() 要旨: Controlling the activity of the CRISPR-Cas9 system is essential to its safe adoption for clinical and research applications. Although the conformational dynamics of Cas9 are known to control its ...Controlling the activity of the CRISPR-Cas9 system is essential to its safe adoption for clinical and research applications. Although the conformational dynamics of Cas9 are known to control its enzymatic activity, details of how Cas9 influences the catalytic processes at both nuclease domains remain elusive. Here we report five cryo-electron microscopy structures of the active Cas9 complex along the reaction path at 2.2-2.9 Å resolution. We observed that a large movement in one nuclease domain, triggered by the cognate DNA, results in noticeable changes in the active site of the other domain that is required for metal coordination and catalysis. Furthermore, the conformations synchronize the reaction intermediates, enabling coupled cutting of the two DNA strands. Consistent with the roles of conformations in organizing the active sites, adjustments to the metal-coordination residues lead to altered metal specificity of Cas9 and commonly used Cas9 in cells. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 304.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27146MC ![]() 8d2kC ![]() 8d2lC ![]() 8d2nC ![]() 8d2oC ![]() 8d2pC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA target strand (5'- ... , 2種, 2分子 TX
#3: DNA鎖 | 分子量: 3349.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 4021.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ABD
#1: タンパク質 | 分子量: 127498.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 43068 / DSM 8971 / 11B / 遺伝子: Acel_1951 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 34390.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 43068 / DSM 8971 / 11B / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: DNA鎖 | 分子量: 3615.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 7分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 4 / カテゴリ: 最終オイラー角割当 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 459996 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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