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万見
- PDB-8czc: AT from first module of the pikromycin synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8czc
タイトルAT from first module of the pikromycin synthase
要素Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / acyltransferase / methylmalonyl-specific / polyketide synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


10-deoxymethynolide synthase / narbonolide synthase / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily ...: / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Keatinge-Clay, A.T. / Dickinson, M.S. / Miyazawa, T. / McCool, R.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106112 米国
Welch FoundationF-1712 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Priming enzymes from the pikromycin synthase reveal how assembly-line ketosynthases catalyze carbon-carbon chemistry.
著者: Miles S Dickinson / Takeshi Miyazawa / Ryan S McCool / Adrian T Keatinge-Clay /
要旨: The first domain of modular polyketide synthases (PKSs) is most commonly a ketosynthase (KS)-like enzyme, KS, that primes polyketide synthesis. Unlike downstream KSs that fuse α-carboxyacyl groups ...The first domain of modular polyketide synthases (PKSs) is most commonly a ketosynthase (KS)-like enzyme, KS, that primes polyketide synthesis. Unlike downstream KSs that fuse α-carboxyacyl groups to growing polyketide chains, it performs an extension-decoupled decarboxylation of these groups to generate primer units. When Pik127, a model triketide synthase constructed from modules of the pikromycin synthase, was studied by cryoelectron microscopy (cryo-EM), the dimeric didomain comprised of KS and the neighboring methylmalonyl-selective acyltransferase (AT) dominated the class averages and yielded structures at 2.5- and 2.8-Å resolution, respectively. Comparisons with ketosynthases complexed with their substrates revealed the conformation of the (2S)-methylmalonyl-S-phosphopantetheinyl portion of KS and KS substrates prior to decarboxylation. Point mutants of Pik127 probed the roles of residues in the KS active site, while an AT-swapped version of Pik127 demonstrated that KS can also decarboxylate malonyl groups. Mechanisms for how KS and KS domains catalyze carbon-carbon chemistry are proposed.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0111
ポリマ－33,0111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, This AT is functional since the engineered polyketide synthase, Pik127, that relies on it synthesizes a triketide lactone product.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikA1, modules 1 and 2 / Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikAI / Pikromycin polyketide synthase component PikAI / ...Narbonolide/10-deoxymethynolide synthase PikAI / Pikromycin polyketide synthase component PikAI / Pikromycin PKS component PikAI / Type I modular polyketide synthase PikAI / PKS


分子量: 33011.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First AT domain of pikromycin synthase
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: pikAI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K207-3
参照: UniProt: Q9ZGI5, 10-deoxymethynolide synthase, narbonolide synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pik127 / タイプ: COMPLEX
詳細: Polyketide synthase engineered from the first, second, and seventh modules of the pikromycin synthase as described in Miyazawa et al., 2021, Chem. Commun. 57:8762-8765
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.41 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Streptomyces venezuelae (バクテリア) / 株: 15439
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K207-3
緩衝液pH: 7.5
詳細: Buffer was made fresh because TCEP rapidly degrades in phosphate
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMpotassium phosphateK3PO41
20.5 mMTCEPC9H15O6P1
33 mMmethylmalonyl-CoAC25H40N7O19P3S1
41 mMNADPHC21H30N7O17P31
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This sample was monodisperse. It was incubated with its substrates, methylmalonyl-CoA and NADPH, for 30 min. at 25 C before freezing.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Blotted for 3 seconds with a force of "1" before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Collected 4284 movies at 0 degrees tilt and 2912 movies at -30 degrees tilt
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 61728 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7196 / 詳細: 20 frames per second
画像スキャン動画フレーム数/画像: 100

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
7UCSF ChimeraX1.1.1モデルフィッティング
8PHENIX1.19.2-4158モデルフィッティング
10Coot0.8.9.2モデル精密化
11PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
12cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
14cryoSPARC3.2.0分類
15cryoSPARC3.2.0３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction performed by cryosparc during reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6761206
詳細: From blob picker, 6,761,206 particles were selected. Then, from template picker, 2,350,020 particles were selected.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184737
詳細: Maps were density modified using Phenix to a calculated resolution of 2.77 Angstroms.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Phenix
原子モデル構築PDB-ID: 2QO3

2qo3


Accession code: 2QO3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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