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万見
- PDB-8cy8: apo form Cryo-EM structure of Campylobacter jejune ketol-acid red... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cy8
タイトルapo form Cryo-EM structure of Campylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by Glutaraldehyde
要素Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
キーワードISOMERASE / ketol-acid reductoisomerase / enzyme stability / dodecamer / branched-chain amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like fold / ProC C-terminal domain-like fold - #10 / Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. ...ProC C-terminal domain-like fold / ProC C-terminal domain-like fold - #10 / Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Helix non-globular / Special / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTANEDIAL / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Zheng, S. / Guddat, L.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210101802 オーストラリア
引用ジャーナル: Appl Biosci / 年: 2022
タイトル: Enhancing the Thermal and Kinetic Stability of Ketol-Acid Reductoisomerase, a Central Catalyst of a Cell-Free Enzyme Cascade for the Manufacture of Platform Chemicals
著者: Lv, Y. / Zheng, S. / Goldenzweig, A. / Liu, F. / Gao, Y. / Yang, X. / Kandale, A. / McGeary, R.P. / Williams, S. / Kobe, B. / Schembri, M.A. / Landsberg, M.J. / Wu, B. / Bruck, T.B. / Sieber, ...著者: Lv, Y. / Zheng, S. / Goldenzweig, A. / Liu, F. / Gao, Y. / Yang, X. / Kandale, A. / McGeary, R.P. / Williams, S. / Kobe, B. / Schembri, M.A. / Landsberg, M.J. / Wu, B. / Bruck, T.B. / Sieber, V. / Boden, M. / Rao, Z. / Fleishman, S.J. / Schenk, G. / Guddat, L.W.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年2月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
E: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
F: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
G: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
H: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
I: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
J: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
K: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
L: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)429,19324
ポリマ－427,99112
非ポリマー1,20112
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / KARI / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / AHIR / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase


分子量: 35665.953 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: ilvC, CW563_00670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5T0UG45
#2: 化合物
ChemComp-PTD / PENTANEDIAL


分子量: 100.116 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 450 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74899 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0129244
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.77139360
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.3710836
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0564452
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065076

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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