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- PDB-8cx1: Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC d... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8cx1
タイトルCryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC dimeric complex in State 1
要素
  • Core-binding factor subunit beta
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*AP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*UP*AP*UP*U)-3')
  • Virion infectivity factor
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/RNA / Viral protein / RNA binding protein / Complex / Ubiquitin E3 ligase / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / DNA cytosine deamination / : / lymphocyte differentiation / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / negative regulation of viral process / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / Transcriptional regulation by RUNX2 / retrotransposon silencing / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / myeloid cell differentiation / target-directed miRNA degradation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / elongin complex / VCB complex / definitive hemopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of viral genome replication / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RUNX3 regulates p14-ARF / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / cell maturation / positive regulation of defense response to virus by host / viral life cycle / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / virion component / transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Regulation of RUNX3 expression and activity / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / protein polyubiquitination / Regulation of RUNX2 expression and activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein ubiquitination / ribonucleoprotein complex / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Novel AID APOBEC clade 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. ...Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Novel AID APOBEC clade 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Elongin B / Elongin-C / Cytidine deaminase-like / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Core-binding factor subunit beta / Elongin-C / Elongin-B / Virion infectivity factor / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Li, Y. / Langley, C. / Azumaya, C.M. / Echeverria, I. / Chesarino, N.M. / Emerman, M. / Cheng, Y. / Gross, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150476 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: The structural basis for HIV-1 Vif antagonism of human APOBEC3G.
著者: Yen-Li Li / Caroline A Langley / Caleigh M Azumaya / Ignacia Echeverria / Nicholas M Chesarino / Michael Emerman / Yifan Cheng / John D Gross /
要旨: The APOBEC3 (A3) proteins are host antiviral cellular proteins that hypermutate the viral genome of diverse viral families. In retroviruses, this process requires A3 packaging into viral particles. ...The APOBEC3 (A3) proteins are host antiviral cellular proteins that hypermutate the viral genome of diverse viral families. In retroviruses, this process requires A3 packaging into viral particles. The lentiviruses encode a protein, Vif, that antagonizes A3 family members by targeting them for degradation. Diversification of A3 allows host escape from Vif whereas adaptations in Vif enable cross-species transmission of primate lentiviruses. How this 'molecular arms race' plays out at the structural level is unknown. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of human APOBEC3G (A3G) bound to HIV-1 Vif, and the hijacked cellular proteins that promote ubiquitin-mediated proteolysis. A small surface explains the molecular arms race, including a cross-species transmission event that led to the birth of HIV-1. Unexpectedly, we find that RNA is a molecular glue for the Vif-A3G interaction, enabling Vif to repress A3G by ubiquitin-dependent and -independent mechanisms. Our results suggest a model in which Vif antagonizes A3G by intercepting it in its most dangerous form for the virus-when bound to RNA and on the pathway to packaging-to prevent viral restriction. By engaging essential surfaces required for restriction, Vif exploits a vulnerability in A3G, suggesting a general mechanism by which RNA binding helps to position key residues necessary for viral antagonism of a host antiviral gene.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: Virion infectivity factor
C: Core-binding factor subunit beta
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
G: Virion infectivity factor
H: Core-binding factor subunit beta
I: Elongin-B
J: Elongin-C
K: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*UP*AP*UP*U)-3')
L: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*AP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,94018
ポリマ－244,54812
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 10分子 AFBGCHDIEJ

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / APOBEC-related cytidine deaminase / APOBEC-related protein / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP- ...APOBEC-related cytidine deaminase / APOBEC-related protein / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / Deoxycytidine deaminase / A3G


分子量: 50034.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3G, MDS019
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HC16, single-stranded DNA cytosine deaminase
#2: タンパク質 Virion infectivity factor / Vif / SOR protein


分子量: 22556.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: vif
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q77YG0
#3: タンパク質 Core-binding factor subunit beta / CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 ...CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 enhancer factor 1 subunit beta / SL3/AKV core-binding factor beta subunit


分子量: 21542.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBFB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13951
#4: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15370
#5: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 12485.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15369

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RNA鎖 , 2種, 2分子 KL

#6: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*UP*AP*UP*U)-3')


分子量: 2496.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#7: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*AP*UP*U)-3')


分子量: 2519.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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非ポリマー , 1種, 6分子

#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HIV-1 Vif-E3 ligase substrate receptor (VCBC) in complex with human APOBEC3G and RNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 0.46 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 68 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3粒子像選択
2SerialEM3.8.6画像取得
4cryoSPARC3CTF補正
10cryoSPARC3初期オイラー角割当
11cryoSPARC3最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57207 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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