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- PDB-8cue: CryoEM structure of the T-pilus from Agrobacterium tumefaciens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cue
タイトルCryoEM structure of the T-pilus from Agrobacterium tumefaciens
要素Protein virB2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / conjugation / VirB2 / type IV secretion system / pili
機能・相同性Conjugal transfer TrbC/type IV secretion VirB2 / TrbC/VIRB2 pilin / type IV secretion system complex / protein secretion by the type IV secretion system / cell outer membrane / Chem-CPL / Protein virB2
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bui, K.H. / Black, C.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T-pilus reveals the importance of positive charges in the lumen.
著者: Jaafar Amro / Corbin Black / Zakaria Jemouai / Nathan Rooney / Caroline Daneault / Natalie Zeytuni / Matthieu Ruiz / Khanh Huy Bui / Christian Baron /
要旨: Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a ...Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a type IV secretion system in the cell envelope and extracellular T-pili. We here report the cryo-electron microscopic structures of the T-pilus at 3.2-Å resolution and of the plasmid pKM101-determined N-pilus at 3-Å resolution. Both pili contain a main pilus protein (VirB2 in A. tumefaciens, TraM in pKM101) and phospholipids arranged in a five-start helical assembly. They contain positively charged amino acids in the lumen, and the lipids are positively charged in the T-pilus (phosphatidylcholine) conferring overall positive charge. Mutagenesis of the lumen-exposed Arg91 in VirB2 results in protein destabilization and loss of pilus formation. Our results reveal that different phospholipids can be incorporated into type IV secretion pili and that the charge of the lumen may be of functional importance.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月17日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_nat
Item: _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Protein virB2
1B: Protein virB2
1C: Protein virB2
1D: Protein virB2
1E: Protein virB2
1F: Protein virB2
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4E: Protein virB2
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5A: Protein virB2
5B: Protein virB2
5C: Protein virB2
5D: Protein virB2
5E: Protein virB2
5F: Protein virB2
5G: Protein virB2
5H: Protein virB2
5I: Protein virB2
5J: Protein virB2
5K: Protein virB2
5L: Protein virB2
5M: Protein virB2
5N: Protein virB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)915,915140
ポリマ－862,85170
非ポリマー53,06470
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Protein virB2


分子量: 12326.439 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
参照: UniProt: P17792
#2: 化合物...
ChemComp-CPL / 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITOYL-LINOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 758.060 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 24.7 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 uL of the sample was repeatedly applied and manually blotted three times using the multiple blotting technique prior to the Vitrobot step to increase the concentration of pili.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.1粒子像選択
2SerialEM3.8画像取得
4cryoSPARC3.1CTF補正
9cryoSPARC3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
14Coot0.9.5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 615500 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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