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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cqd | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of hexameric proteorhodopsin A18L mutant | ||||||
要素 | Green-light absorbing proteorhodopsin | ||||||
キーワード | PROTON TRANSPORT / Membrane protein / Light-driven proton pump / Proteorhodopsin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 light-activated monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | uncultured Gammaproteobacteria bacterium (環境試料) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å | ||||||
データ登録者 | Hirschi, S. / Lemmin, T. / Fotiadis, D. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into proteorhodopsin biogenesis and retinal scavenging 著者: Hirschi, S. / Lemmin, T. / Ayoub, N. / Kalbermatter, D. / Pellegata, D. / Ucurum, Z. / Gertsch, J. / Fotiadis, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cqd.cif.gz | 238.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cqd.ent.gz | 195 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cqd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cqd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 16796MC 8cnkC 8cqcC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28110.854 Da / 分子数: 6 / 変異: A18L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) uncultured Gammaproteobacteria bacterium (環境試料) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6J4G7 #2: 化合物 | ChemComp-RET / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexameric proteorhodopsin A18L / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: uncultured Gammaproteobacteria bacterium (環境試料) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 237013 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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