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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cg5 | |||||||||
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タイトル | The ACP crosslinked to the KS of the cercosporin fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS) CTB1 (SAT-KS:ACP-MAT) | |||||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cercospora nicotianae (菌類) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Munoz-Hernandez, H. / Tittes, Y.U. / Maier, T. | |||||||||
資金援助 | European Union, スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of ACP crosslinked to KS of the cercosporin fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS) CTB1 (SAT-KS:ACP-MAT) at 2.7 Angstroms resolution 著者: Munoz-Hernandez, H. / Maier, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cg5.cif.gz | 924.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cg5.ent.gz | 775.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cg5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cg5_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cg5_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cg5_validation.xml.gz | 74.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cg5_validation.cif.gz | 114.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cg5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16631MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 140255.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cercospora nicotianae (菌類) / 遺伝子: CTB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6DQW3, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: タンパク質 | | 分子量: 9892.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Acyl carrier protein (ACP) of Non-reducing polyketide synthase CTB1 由来: (組換発現) Cercospora nicotianae (菌類) / 遺伝子: CTB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6DQW3, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #3: 化合物 | ChemComp-42X / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ACP crosslinked to the KS of the condensing region of the non-reducing polyketide synthase CTB1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Cercospora nicotianae (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 42 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 936235 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255766 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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