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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cg4 | |||||||||
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タイトル | The organise full-length structure of the fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS) PksA | |||||||||
要素 | Norsolorinic acid synthase | |||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 noranthrone synthase / aflatoxin biosynthetic process / norsolorinate anthrone synthase activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus parasiticus (カビ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Munoz-Hernandez, H. / Maier, T. | |||||||||
資金援助 | European Union, スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of the Aspergilus sp. fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS) PksA at 2.6 Angstroms resolution 著者: Munoz-Hernandez, H. / Maier, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cg4.cif.gz | 936 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cg4.ent.gz | 759.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cg4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cg4_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cg4_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cg4_validation.xml.gz | 71.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cg4_validation.cif.gz | 108.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/8cg4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16630MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 237741.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus parasiticus (カビ) / 遺伝子: aflC, pksA, pksL1, P875_00052995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12053, noranthrone synthase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The full-length Non-reducing polyketide synthase PksA タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Aspergillus parasiticus (カビ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6479 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 35 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20rc4_4425: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 468256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 361377 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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