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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c9x | ||||||||||||||||||
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タイトル | human alpha7 nicotinic receptor in complex with the C4 nanobody | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel nanobody Nicotinic acetylcholine receptor | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sensory processing / dendrite arborization / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / response to acetylcholine / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / regulation of amyloid fibril formation / short-term memory / positive regulation of CoA-transferase activity ...sensory processing / dendrite arborization / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / response to acetylcholine / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / regulation of amyloid fibril formation / short-term memory / positive regulation of CoA-transferase activity / dendritic spine organization / acetylcholine binding / chloride channel regulator activity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of amyloid-beta formation / plasma membrane raft / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to amyloid-beta / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of tumor necrosis factor production / toxic substance binding / monoatomic ion transport / positive regulation of protein metabolic process / monoatomic ion channel activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cognition / response to nicotine / synapse organization / calcium channel activity / memory / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / amyloid-beta binding / postsynaptic membrane / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / learning or memory / response to hypoxia / neuron projection / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Vicugna pacos huacaya (哺乳類) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Prevost, M.S. / Barilone, N. / Dejean de la Batie, G. / Pons, S. / Ayme, G. / England, P. / Gielen, M. / Bontems, F. / Pehau-Arnaudet, G. / Maskos, U. ...Prevost, M.S. / Barilone, N. / Dejean de la Batie, G. / Pons, S. / Ayme, G. / England, P. / Gielen, M. / Bontems, F. / Pehau-Arnaudet, G. / Maskos, U. / Lafaye, P. / Corringer, P.-J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | European Union, フランス, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: An original potentiating mechanism revealed by the cryo-EM structures of the human α7 nicotinic receptor in complex with nanobodies. 著者: Marie S Prevost / Nathalie Barilone / Gabrielle Dejean de la Bâtie / Stéphanie Pons / Gabriel Ayme / Patrick England / Marc Gielen / François Bontems / Gérard Pehau-Arnaudet / Uwe Maskos ...著者: Marie S Prevost / Nathalie Barilone / Gabrielle Dejean de la Bâtie / Stéphanie Pons / Gabriel Ayme / Patrick England / Marc Gielen / François Bontems / Gérard Pehau-Arnaudet / Uwe Maskos / Pierre Lafaye / Pierre-Jean Corringer / 要旨: The human α7 nicotinic receptor is a pentameric channel mediating cellular and neuronal communication. It has attracted considerable interest in designing ligands for the treatment of neurological ...The human α7 nicotinic receptor is a pentameric channel mediating cellular and neuronal communication. It has attracted considerable interest in designing ligands for the treatment of neurological and psychiatric disorders. To develop a novel class of α7 ligands, we recently generated two nanobodies named E3 and C4, acting as positive allosteric modulator and silent allosteric ligand, respectively. Here, we solved the cryo-electron microscopy structures of the nanobody-receptor complexes. E3 and C4 bind to a common epitope involving two subunits at the apex of the receptor. They form by themselves a symmetric pentameric assembly that extends the extracellular domain. Unlike C4, the binding of E3 drives an agonist-bound conformation of the extracellular domain in the absence of an orthosteric agonist, and mutational analysis shows a key contribution of an N-linked sugar moiety in mediating E3 potentiation. The nanobody E3, by remotely controlling the global allosteric conformation of the receptor, implements an original mechanism of regulation that opens new avenues for drug design. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c9x.cif.gz | 347.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c9x.ent.gz | 277.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c9x_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c9x_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c9x_validation.xml.gz | 55.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c9x_validation.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16513MC 8cauC 8ce4C 8ci1C 8ci2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44050.949 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA7, NACHRA7 / 細胞株 (発現宿主): T-REx / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36544 #2: 抗体 | 分子量: 15826.398 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos huacaya (哺乳類) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 10 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: SerialEM / バージョン: 4.0.9 / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104409 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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