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万見
- PDB-8c9h: AQP7_inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c9h
タイトルAQP7_inhibitor
要素Aquaporin-7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / aquaglyceroporin / glycerol channel / dimer of tetramers / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction ...Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction / cell cortex / basolateral plasma membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T60 / Aquaporin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Huang, P. / Venskutonyte, R. / Gourdon, P. / Lindkvist-Petersson, K.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-05816, 2016-01319 スウェーデン
Other governmentSwedish Cancer Society 20 0747 PjF スウェーデン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for human aquaporin inhibition.
著者: Peng Huang / Hannah Åbacka / Carter J Wilson / Malene Lykke Wind / Michael Rűtzler / Anna Hagström-Andersson / Pontus Gourdon / Bert L de Groot / Raminta Venskutonytė / Karin Lindkvist-Petersson /
要旨: Cancer invasion and metastasis are known to be potentiated by the expression of aquaporins (AQPs). Likewise, the expression levels of AQPs have been shown to be prognostic for survival in patients ...Cancer invasion and metastasis are known to be potentiated by the expression of aquaporins (AQPs). Likewise, the expression levels of AQPs have been shown to be prognostic for survival in patients and have a role in tumor growth, edema, angiogenesis, and tumor cell migration. Thus, AQPs are key players in cancer biology and potential targets for drug development. Here, we present the single-particle cryo-EM structure of human AQP7 at 3.2-Å resolution in complex with the specific inhibitor compound Z433927330. The structure in combination with MD simulations shows that the inhibitor binds to the endofacial side of AQP7. In addition, cancer cells treated with Z433927330 show reduced proliferation. The data presented here serve as a framework for the development of AQP inhibitors.
履歴
登録2023年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-7
B: Aquaporin-7
C: Aquaporin-7
D: Aquaporin-7
E: Aquaporin-7
F: Aquaporin-7
G: Aquaporin-7
H: Aquaporin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,03016
ポリマ－298,1158
非ポリマー2,9158
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area30480 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area69510 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Aquaporin-7 / AQP-7 / Aquaglyceroporin-7 / Aquaporin adipose / AQPap / Aquaporin-7-like


分子量: 37264.395 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIG represents the inhibitor / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP7, AQP7L, AQP9 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: O14520
#2: 化合物
ChemComp-T60 / ethyl 4-[(4-pyrazol-1-ylphenyl)methylcarbamoylamino]benzoate / ethyl 4-(3-(4-(1H-pyrazol-1-yl)benzyl)ureido)benzoate


分子量: 364.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AQP7 dimer of tetramers with inhibitor / タイプ: COMPLEX / 詳細: sample was prepared in GDN detergent / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMsodium phosphateNa3PO41
2100 mMsodium chlorideNaCl1
30.01 %GDNC56H92O21
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 25uM inhibitor was supplemented into protein solution before grid freezing.
試料支持詳細: 20mA for glow discharge / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 3s blot, 3s wait, 0s drain time, 0 blot force

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.16 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9002

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv3.2粒子像選択
2EPU2.11.1画像取得automated faster aquisition
4cryoSPARCv3.2CTF補正
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
11cryoSPARC分類
12cryoSPARCv3.2３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 484660 / 詳細: applying template picking tool.
対称性点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16851 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 108 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Initial model (PDB ID:8AMX) was fitted locally into map by Chimera.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00216248
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48422120
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.0752200
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0362440
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042752

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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