[日本語] English
万見
- PDB-8c7h: Cryo-EM Map of the latTGF-beta 28G11 Fab complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c7h
タイトルCryo-EM Map of the latTGF-beta 28G11 Fab complex
要素
  • (Transforming growth factor beta- ...) x 2
  • 28G11 Fab heavy chain
  • 28G11 Fab light chain
  • Transforming growth factor beta activator LRRC32
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab-complex / GARP / lat-TGF-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


: / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / frontal suture morphogenesis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of enamel mineralization ...: / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / frontal suture morphogenesis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of enamel mineralization / regulatory T cell differentiation / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of blood vessel remodeling / tolerance induction to self antigen / regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / regulation of protein import into nucleus / embryonic liver development / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of odontogenesis / Langerhans cell differentiation / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of exit from mitosis / extracellular matrix assembly / negative regulation of macrophage cytokine production / odontoblast differentiation / : / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / secondary palate development / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / mammary gland branching involved in thelarche / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / membrane protein intracellular domain proteolysis / heart valve morphogenesis / retina vasculature development in camera-type eye / response to laminar fluid shear stress / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of vasculature development / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ATP biosynthetic process / receptor catabolic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / lens fiber cell differentiation / negative regulation of extracellular matrix disassembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / oligodendrocyte development / germ cell migration / response to salt / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / type I transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of chemotaxis / phospholipid homeostasis / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of vascular permeability / response to vitamin D / cell-cell junction organization / positive regulation of regulatory T cell differentiation / transforming growth factor beta binding / response to cholesterol / negative regulation of interleukin-17 production / digestive tract development / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of ossification / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of fibroblast migration / aortic valve morphogenesis / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of phagocytosis / sprouting angiogenesis / face morphogenesis / neural tube development / Molecules associated with elastic fibres / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / negative regulation of cytokine production / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / ureteric bud development / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of neuroblast proliferation / Syndecan interactions
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / Leucine rich repeat N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / Leucine rich repeat N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor beta activator LRRC32
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ebenhoch, R. / Nar, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Immunohorizons / 年: 2023
タイトル: Anti-GARP Antibodies Inhibit Release of TGF-β by Regulatory T Cells via Different Modes of Action, but Do Not Influence Their Function In Vitro.
著者: Frederik H Igney / Rebecca Ebenhoch / Felix Schiele / Herbert Nar /
要旨: Regulatory T cells (Treg) play a critical role in controlling immune responses in diseases such as cancer or autoimmunity. Activated Treg express the membrane protein GARP (LRRC32) in complex with ...Regulatory T cells (Treg) play a critical role in controlling immune responses in diseases such as cancer or autoimmunity. Activated Treg express the membrane protein GARP (LRRC32) in complex with the latent form of the immunosuppressive cytokine TGF-β (L-TGF-β). In this study, we confirmed that active TGF-β was generated from its latent form in an integrin-dependent manner and induced TGF-β receptor signaling in activated human Treg. We studied a series of Abs targeting the L-TGF-β/GARP complex with distinct binding modes. We found that TGF-β receptor signaling could be inhibited by anti-TGF-β and by some, but not all, Abs against the L-TGF-β/GARP complex. Cryogenic electron microscopy structures of three L-TGF-β/GARP complex-targeting Abs revealed their distinct epitopes and allowed us to elucidate how they achieve blockade of TGF-β activation. Three different modes of action were identified, including a novel unusual mechanism of a GARP-binding Ab. However, blockade of GARP or TGF-β by Abs did not influence the suppressive activity of human Treg in vitro. We were also not able to confirm a prominent role of GARP in other functions of human Treg, such as FOXP3 induction and Treg stability. These data show that the GARP/TGF-β axis can be targeted pharmacologically in different ways, but further studies are necessary to understand its complexity and to unleash its therapeutic potential.
履歴
登録2023年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-1
B: Transforming growth factor beta-1
C: Transforming growth factor beta-1
D: Transforming growth factor beta-1
I: Transforming growth factor beta activator LRRC32
L: 28G11 Fab heavy chain
K: 28G11 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,42210
ポリマ－195,6627
非ポリマー1,7603
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18620 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area57000 Å2

-
要素

-
Transforming growth factor beta- ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-1 / TGF-beta-1


分子量: 28531.488 Da / 分子数: 2 / 断片: LAP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01137
#2: タンパク質 Transforming growth factor beta-1 / TGF-beta-1


分子量: 12809.812 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01137

-
抗体 , 2種, 2分子 LK

#4: 抗体 28G11 Fab heavy chain


分子量: 24529.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 28G11 Fab light chain


分子量: 23091.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 I

#3: タンパク質 Transforming growth factor beta activator LRRC32 / Garpin / Glycoprotein A repetitions predominant / GARP / Leucine-rich repeat-containing protein 32


分子量: 65358.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRC32, D11S833E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14392
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: latTGF-beta in complex with Fab 28G11 / タイプ: COMPLEX / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 4 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4839: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 418886 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00411889
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67916246
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4621750
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421944
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0092095

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る