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万見
- PDB-8c5c: microtubule decorated with tubulin oligomers in presence of APC C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5c
タイトルmicrotubule decorated with tubulin oligomers in presence of APC C-terminal domain. (here only map corresponding to the 13-pf microtubule is represented)
要素
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / cytoskeleton / microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases activate IQGAPs / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / RHO GTPases Activate Formins / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Aggrephagy / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Hedgehog 'off' state / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuron migration / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / microtubule / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TAXOL / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Serre, L. / Arnal, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
ATIP-Avenir フランス
引用ジャーナル: J Cell Sci / 年: 2023
タイトル: The mitotic role of adenomatous polyposis coli requires its bilateral interaction with tubulin and microtubules.
著者: Laurence Serre / Julie Delaroche / Angélique Vinit / Guy Schoehn / Eric Denarier / Anne Fourest-Lieuvin / Isabelle Arnal /
要旨: Adenomatous polyposis coli (APC) is a scaffold protein with tumour suppressor properties. Mutations causing the loss of its C-terminal domain (APC-C), which bears cytoskeleton-regulating sequences, ...Adenomatous polyposis coli (APC) is a scaffold protein with tumour suppressor properties. Mutations causing the loss of its C-terminal domain (APC-C), which bears cytoskeleton-regulating sequences, correlate with colorectal cancer. The cellular roles of APC in mitosis are widely studied, but the molecular mechanisms of its interaction with the cytoskeleton are poorly understood. Here, we investigated how APC-C regulates microtubule properties, and found that it promotes both microtubule growth and shrinkage. Strikingly, APC-C accumulates at shrinking microtubule extremities, a common characteristic of depolymerases. Cryo-electron microscopy revealed that APC-C adopts an extended conformation along the protofilament crest and showed the presence of ring-like tubulin oligomers around the microtubule wall, which required the presence of two APC-C sub-domains. A mutant of APC-C that was incapable of decorating microtubules with ring-like tubulin oligomers exhibited a reduced effect on microtubule dynamics. Finally, whereas native APC-C rescued defective chromosome alignment in metaphase cells silenced for APC, the ring-incompetent mutant failed to correct mitotic defects. Thus, the bilateral interaction of APC-C with tubulin and microtubules likely contributes to its mitotic functions.
履歴
登録2023年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
a: Tubulin beta chain
b: Tubulin beta chain
c: Tubulin beta chain
d: Tubulin beta chain
e: Tubulin beta chain
f: Tubulin beta chain
g: Tubulin beta chain
h: Tubulin beta chain
i: Tubulin beta chain
j: Tubulin beta chain
k: Tubulin beta chain
l: Tubulin beta chain
m: Tubulin beta chain
N: Tubulin alpha-1B chain
O: Tubulin alpha-1B chain
P: Tubulin alpha-1B chain
Q: Tubulin alpha-1B chain
R: Tubulin alpha-1B chain
S: Tubulin alpha-1B chain
T: Tubulin alpha-1B chain
U: Tubulin alpha-1B chain
V: Tubulin alpha-1B chain
W: Tubulin alpha-1B chain
X: Tubulin alpha-1B chain
Y: Tubulin alpha-1B chain
Z: Tubulin alpha-1B chain
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin alpha-1B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin alpha-1B chain
E: Tubulin alpha-1B chain
F: Tubulin alpha-1B chain
G: Tubulin alpha-1B chain
H: Tubulin alpha-1B chain
I: Tubulin alpha-1B chain
J: Tubulin alpha-1B chain
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L: Tubulin alpha-1B chain
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v: Tubulin beta chain
w: Tubulin beta chain
x: Tubulin beta chain
y: Tubulin beta chain
z: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,629,813104
ポリマ－2,605,83452
非ポリマー23,98052
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area206040 Å2
ΔGint-865 kcal/mol
Surface area729190 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 52分子 abcdefghijklmnopqrstuvwxyzNOPQ...

#1: タンパク質 ...
Tubulin beta chain


分子量: 50019.922 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: brain / 参照: UniProt: A0A452DIL8
#2: タンパク質 ...
Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: brain / 参照: UniProt: P81947

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非ポリマー , 4種, 52分子

#3: 化合物
ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: microtubule / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
緩衝液pH: 6.75
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
180 mMPiPESPiPes1
21 mMEGTAEGTA1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
450 mMpotassieum chlorideKCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 37 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -27.68 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.54 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11670 / 詳細: resolution deduced from unmasked FSC is 7.1 A / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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