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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8byv | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a Staphylococus aureus 30S-RbfA complex | ||||||
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![]() | RIBOSOME / RbfA / 30S subunit maturation / cryo-EM / ribosome biogenesis / translation / Staphylococcus aureus | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | ||||||
![]() | Bikmullin, A.G. / Fatkhullin, B. / Stetsenko, A. / Guskov, A. / Yusupov, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Yet Another Similarity between Mitochondrial and Bacterial Ribosomal Small Subunit Biogenesis Obtained by Structural Characterization of RbfA from . 著者: Aydar G Bikmullin / Bulat Fatkhullin / Artem Stetsenko / Azat Gabdulkhakov / Natalia Garaeva / Liliia Nurullina / Evelina Klochkova / Alexander Golubev / Iskander Khusainov / Natalie ...著者: Aydar G Bikmullin / Bulat Fatkhullin / Artem Stetsenko / Azat Gabdulkhakov / Natalia Garaeva / Liliia Nurullina / Evelina Klochkova / Alexander Golubev / Iskander Khusainov / Natalie Trachtmann / Dmitriy Blokhin / Albert Guskov / Shamil Validov / Konstantin Usachev / Marat Yusupov / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Ribosome biogenesis is a complex and highly accurate conservative process of ribosomal subunit maturation followed by association. Subunit maturation comprises sequential stages of ribosomal RNA and ...Ribosome biogenesis is a complex and highly accurate conservative process of ribosomal subunit maturation followed by association. Subunit maturation comprises sequential stages of ribosomal RNA and proteins' folding, modification and binding, with the involvement of numerous RNAses, helicases, GTPases, chaperones, RNA, protein-modifying enzymes, and assembly factors. One such assembly factor involved in bacterial 30S subunit maturation is ribosomal binding factor A (RbfA). In this study, we present the crystal (determined at 2.2 Å resolution) and NMR structures of RbfA as well as the 2.9 Å resolution cryo-EM reconstruction of the 30S-RbfA complex from (). Additionally, we show that the manner of RbfA action on the small ribosomal subunit during its maturation is shared between bacteria and mitochondria. The obtained results clarify the function of RbfA in the 30S maturation process and its role in ribosome functioning in general. Furthermore, given that is a serious human pathogen, this study provides an additional prospect to develop antimicrobials targeting bacterial pathogens. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1016.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 91.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 156.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16334MC ![]() 8bxaC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst
#2: タンパク質 | 分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FZ25 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW12 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FXK6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW23 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2G113 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P48940 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW20 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW39 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q931G5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW31 |
#12: タンパク質 | 分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0A0H0 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW30 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW19 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2G2Q1 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FZ45 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW15 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2G111 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FW10 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q2FXY6 |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 aA
#1: RNA鎖 | 分子量: 500464.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: GenBank: 87201381 |
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#21: タンパク質 | 分子量: 13535.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rbfA, SAOUHSC_01247 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: EPU / カテゴリ: 画像取得 | |||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81421 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |